是的，药品行政处罚原则中确实包括一事不两罚原则。以下是对这一原则的详细解释：
一、一事不两罚原则的基本含义
一事不两罚原则，也称为一事不再罚原则，是行政处罚领域中的一项核心原则。它指的是对于当事人的同一个违法行为，不得给予两次或两次以上的罚款处罚。这一原则的核心在于避免行政机关的过度处罚，保障公民、法人和其他组织的合法权益，同时维护行政执法的统一性和权威性。
二、一事不两罚原则在药品行政处罚中的适用
在药品行政处罚中，一事不两罚原则同样适用。具体来说，如果药品生产经营者实施了同一个违法行为，如销售假药或劣药，那么行政机关在对其进行处罚时，只能给予一次罚款处罚，而不能基于同一事实和理由再次给予罚款处罚。这一原则确保了行政处罚的公正性和合理性，防止了因重复处罚而给当事人带来不必要的负担。
三、一事不两罚原则的例外情况
尽管一事不两罚原则是基本原则，但在特定情况下也存在例外。这些例外情况主要包括：
并处：当法律明确规定对某种违法行为可以并处多种处罚时，如既罚款又吊销许可证，这不属于重复处罚。在药品行政处罚中，如果药品生产经营者的违法行为情节严重，除了罚款外，还可能面临吊销药品生产许可证、药品经营许可证等更严厉的处罚。
连续行为：若当事人的违法行为是连续的，且每次行为都独立构成违法，则每次行为均可单独进行处罚。例如，药品生产经营者连续多次销售假药，每次销售行为都构成独立的违法行为，因此每次都可以单独进行处罚。
不同机关管辖：一个违法行为同时违反多个法律法规，且由不同行政机关管辖时，各行政机关可在职权范围内进行处罚，但需协调以避免过度处罚。在药品行政处罚中，如果药品生产经营者的违法行为同时违反了《药品管理法》和《广告法》等法律法规，且分别由药品监管部门和市场监管部门管辖，那么这两个部门可以在各自职权范围内进行处罚，但应避免重复处罚。
新发现的事实：初次处罚后，若发现新的违法事实或证据，且与初次处罚的事实非同一性质，可基于新事实进行第二次处罚。例如，在初次对药品生产经营者进行处罚后，又发现其存在其他未被发现的违法行为或违法事实，那么可以基于这些新事实进行第二次处罚。
四、实践应用中的注意事项
在实际应用中，行政执法机关应严格遵循一事不两罚原则，确保行政处罚的合法性和合理性。具体来说，应注意以下几点：
充分调查取证：在作出处罚决定前，应充分调查取证，确保事实清楚、证据确凿。只有基于准确的事实和证据，才能避免重复处罚或错误处罚。
准确适用法律：在适用法律时，应准确理解法律条文的含义和适用范围，避免错误或过度处罚。同时，应注意法律之间的衔接和协调，确保处罚的公正性和合理性。
加强沟通协调：在涉及多个行政机关管辖的案件中，应加强不同行政机关之间的沟通协调，确保对同一违法行为的处罚不重复、不遗漏。通过信息共享和协作配合，可以提高行政执法的效率和公正性。
综上所述，药品行政处罚原则中确实包括一事不两罚原则。这一原则在保障当事人合法权益、维护行政执法公正性和合理性方面发挥着重要作用。在实际应用中，应严格遵循这一原则，确保行政处罚的合法性和合理性。如果您在药品行政处罚方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。