注销国有农用地使用权的法律依据主要包括以下几个方面：

一、主要法律依据

1. 《中华人民共和国民法典》

• 涉及土地使用权的相关规定，为注销国有农用地使用权提供了基本的法律框架。

1. 《中华人民共和国土地管理法》

• 第九条、第十条、第十二条、第十三条等条款，详细规定了土地管理的相关内容，包括土地使用权的取得、变更和消灭等，为注销国有农用地使用权提供了具体的法律依据。
• 特别是第五十八条，列举了可以收回国有土地使用权的情形，这直接关系到国有农用地使用权的注销。

1. 《不动产登记暂行条例》及《不动产登记暂行条例实施细则》

• 规定了不动产登记的相关程序和要求，包括注销登记的情形和流程。如《不动产登记暂行条例》第三条、第五条以及实施细则的第二条、第三条、第四条等，都涉及到了不动产注销登记的内容。

二、注销登记的具体情形

根据相关法律法规，已经登记的国有农用地使用权，在下列情形下，当事人可申请办理注销登记：

1. 因自然灾害等原因导致国有农用地的使用权消灭；
2. 国有农用地使用权被依法收回或者农用地转为建设用地的；
3. 权利人放弃不动产权利的；
4. 人民法院、仲裁机构生效法律文书导致权利消灭的；
5. 法律、行政法规规定的其他情形。

三、注销登记的申请与办理

1. 申请主体：国有农用地使用权注销登记应由不动产登记簿记载的权利人申请。
2. 办理流程：包括窗口办理或网上申请办理两种方式。申请人需要提交相关申请材料，如不动产登记申请书、申请人身份证明、不动产权证书或不动产电子证照等。办理时限通常为3个工作日。
3. 办理结果：将申请登记事项记载于不动产登记簿，并收回、作废原《不动产权证书》或《不动产电子证照》。

综上所述，注销国有农用地使用权是一个涉及多个法律法规和具体程序的过程。在实际操作中，当事人应严格遵守相关法律法规和政策规定，确保程序的合法有效。同时，由于注销过程可能涉及复杂的法律问题和实践操作，建议当事人在遇到此类问题时及时咨询专业律师或相关部门以获取法律帮助和支持。