占用基本农田的用地预审，原则上应由自然资源部负责办理，但涉及特定情形或项目类型的，可能由省级自然资源主管部门办理。具体分析如下：

1. 一般原则：根据《建设项目用地预审管理办法》及《自然资源部关于做好占用永久基本农田重大建设项目用地预审的通知》等规定，占用基本农田的用地预审，通常需报自然资源部进行审查。这是因为基本农田属于严格保护的耕地资源，其占用需经过更高层级的审批，以确保土地资源的合理利用和保护。

2. 特定情形下的省级审查：虽然一般原则下占用基本农田的用地预审需报自然资源部，但也存在特定情形或项目类型下，由省级自然资源主管部门负责办理的情况。例如，对于某些符合特定条件的省级重点项目或地方性建设项目，可能根据地方性法规或政策，由省级自然资源主管部门进行用地预审。但这种情况较为特殊，且需严格遵循相关法律法规和政策规定。

3. 审查内容与程序：无论是自然资源部还是省级自然资源主管部门进行用地预审，其审查内容均主要包括建设项目用地是否符合土地利用总体规划、是否符合国家供地政策、用地标准和总规模是否符合有关规定等。审查程序则通常包括受理申请、初步审查、现场踏勘（如需）、专家评审（如需）、出具预审意见等环节。