在土地承包纠纷中，以下情况需要主管部门进行处理：
一、一般土地权属争议
- 主管部门：乡级人民政府或县级以上人民政府。
- 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第十四条，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
- 处理流程：
- 当事人先尝试协商解决。
- 协商不成时，向乡级人民政府或县级以上人民政府提出处理申请。
- 政府相关部门进行调查核实，并根据实际情况作出处理决定。
二、农村土地承包经营纠纷
主管部门及处理方式：
- 村民委员会、乡（镇）人民政府等基层组织：根据《中华人民共和国农村土地承包法》第五十五条，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求上述基层组织进行调解。
- 农村土地承包仲裁委员会：若调解不成，当事人可以向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁。仲裁裁决具有法律效力，一方不履行裁决的，另一方可向人民法院申请强制执行。
- 人民法院：对仲裁结果不服的，可以在收到裁决书之日起三十日内向人民法院起诉，也可以直接向人民法院起诉。法院将按照民事诉讼程序审理案件，全面审查事实和证据，作出公正判决。
处理流程：
- 协商与调解：当事人首先尝试自行协商，或请求村委会、乡（镇）政府等调解。
- 仲裁：调解不成时，向当地农村土地承包仲裁委员会提交书面仲裁申请，委员会依法审理并作出裁决。
- 诉讼：对仲裁结果有异议的，可在规定时间内向法院提起诉讼，法院将依法判决。
三、其他特殊类型土地纠纷
涉及违法用地的纠纷：
- 主管部门：自然资源主管部门（原国土资源局）。
- 处理方式：如非法占地、破坏耕地等行为，应向自然资源主管部门举报，由其依法查处。
林地权属争议：
- 主管部门：根据《林木林地权属争议处理办法》，单位间争议由县级以上政府处理，个人与单位间争议由乡级或县级以上政府处理。
- 处理流程：与一般土地权属争议类似，先协商，协商不成则向相应级别的人民政府提出处理申请。
法律建议：
在处理土地承包纠纷时，当事人应根据纠纷的性质和复杂程度，选择合适的处理部门和流程。优先尝试协商和调解，以降低成本、提高效率；若协商、调解无果，则应及时向仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼，以维护自身合法权益。同时，建议当事人在整个过程中保留好相关证据材料，如土地承包合同、权属证明、协商记录等，以便在需要时提供支持。
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