针对出租车驾驶员不配合执法部门调查且继续经营的情况，可以采取以下措施：
执法部门可采取的强制措施：
- 依法扣留车辆：根据《中华人民共和国道路交通安全法》等相关法律法规，执法部门在发现出租车驾驶员存在违法行为且不配合调查时，有权依法扣留其车辆，以防止其继续违法经营，造成更大的安全隐患或社会危害。
- 行政处罚：对于不配合调查的驾驶员，执法部门可以依据相关法律法规，对其处以罚款、吊销驾驶证等行政处罚，以示惩戒，并促使其配合调查。
对驾驶员的后续处理建议：
- 配合调查：驾驶员应认识到配合执法部门调查是其法定义务，不配合调查不仅可能面临更严重的法律后果，还会损害其个人声誉和行业形象。因此，建议驾驶员尽快与执法部门取得联系，积极配合调查，如实陈述事实，提供相关证据。
- 接受处罚并改正：如果驾驶员确实存在违法行为，应接受执法部门的处罚，并立即停止违法经营行为，改正错误，遵守法律法规，合法经营。
对出租车公司的管理建议：
- 加强驾驶员培训：出租车公司应加强对驾驶员的法律法规培训，提高其法律意识和合规经营意识，确保驾驶员了解并遵守相关法律法规，减少违法行为的发生。
- 建立监督机制：出租车公司应建立有效的监督机制，对驾驶员的经营行为进行定期检查和不定期抽查，及时发现并纠正驾驶员的违法行为，防止类似事件再次发生。
- 配合执法部门工作：出租车公司应积极配合执法部门的工作，提供必要的协助和支持，共同维护交通秩序和公共安全。
法律后果与风险提示：
- 法律后果：如果驾驶员不配合执法部门调查且继续违法经营，将可能面临更严重的法律后果，包括但不限于罚款、吊销驾驶证、行政拘留等。同时，其违法行为还可能被记录在个人征信系统中，影响其未来的信用记录和贷款等金融服务。
- 风险提示：对于出租车公司而言，如果旗下驾驶员存在违法行为且公司未采取有效措施进行纠正和管理，公司也可能面临法律责任和声誉损失。因此，出租车公司应高度重视驾驶员的合规经营问题，加强管理和监督。
总结与建议：出租车驾驶员不配合执法部门调查且继续经营是违法行为，不仅可能面临法律后果，还会损害个人声誉和行业形象。建议驾驶员积极配合调查、接受处罚并改正错误；出租车公司应加强驾驶员培训、建立监督机制并配合执法部门工作；同时，提醒驾驶员和出租车公司注意法律后果和风险提示，共同维护交通秩序和公共安全。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。