签合同时证人不按手印，通常不会影响合同的合法权益。以下从多个角度进行详细分析：

一、合同生效的法定条件

根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这一条款清晰地表明，签名、盖章和按手印在合同订立中具有同等的法律效力。因此，并不是只有按了手印的合同才有效，只要合同上有当事人的签名或盖章，同样可以证明合同的成立。

二、合同效力的核心要素

合同的效力并不仅仅取决于形式上的要求，更重要的是合同内容的合法性和双方的真实意愿。具体来说，合同要有效，需满足以下条件：

1. 行为人具有相应的民事行为能力：签订合同的当事人必须具备理解自己行为性质、后果的能力，并能独立表达自己意思。完全民事行为能力人可以独立签订合同；限制民事行为能力人签订的纯获利益合同或与其年龄、智力、精神健康状况相适应的合同有效，其他则需法定代理人同意或追认。
2. 意思表示真实：当事人在订立合同时必须表达其内心真实意愿，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。如一方以欺诈手段使对方在违背真实意思的情况下订立合同，受欺诈方有权请求法院或仲裁机构撤销该合同。
3. 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：合同内容必须符合法律规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定。同时，合同内容也不能违背社会公共秩序和善良风俗，否则合同无效。

三、证人按手印的特殊性

在合同签订过程中，证人按手印并非合同生效的必备条件。证人主要是为了证明合同签订的真实性和合法性，其按手印与否，并不直接影响合同的效力。只要合同本身满足上述生效条件，即使证人没有按手印，合同仍然是有效的。

四、特殊情况下的合同效力

当然，也存在特殊情况。如果合同中明确约定需要按手印（包括证人按手印）才具有法律效力，那么在没有按手印的情况下，该合同可能会被视为无效。但这种情况并不常见，且需要合同中有明确的约定。

五、法律建议

1. 明确合同生效条件：为避免日后可能出现的争议，建议在签订合同时尽量明确约定合同生效的条件和方式等内容。
2. 确保合同内容合法：在签订合同时，务必确保合同内容合法、双方真实意愿一致，且不违反法律法规的强制性规定和公序良俗。
3. 咨询专业律师：如果对合同的具体条款或法律效力有疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供针对性的法律意见。

综上所述，签合同时证人不按手印，通常不会影响合同的合法权益。关键还是要确保合同内容的真实性、合法性以及行为人具备相应的民事行为能力。