在非法占地上停放普通货运车，一般由自然资源主管部门（原国土资源主管部门）进行查处。以下从不同角度进行详细分析：
一、查处主体及依据
自然资源主管部门：根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，自然资源主管部门负责土地的管理和监督工作，包括查处非法占地行为。非法占地是指未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的行为。在非法占地上停放普通货运车，属于非法占用土地的一种表现形式，因此自然资源主管部门有权进行查处。
其他相关部门：虽然自然资源主管部门是主要的查处主体，但在某些情况下，其他相关部门也可能参与查处工作。例如，如果非法占地行为同时涉及违反城市规划、环境保护等方面的规定，那么城市规划部门、环保部门等也可能根据各自的职责进行查处。然而，在大多数情况下，这些部门的查处工作会与自然资源主管部门的查处工作相协调，以避免重复执法和资源浪费。
二、查处流程
立案调查：自然资源主管部门在发现非法占地行为后，会进行立案调查，收集相关证据，包括现场勘查记录、照片、视频等，以证明非法占地的事实和程度。
责令停止违法行为：在调查确认非法占地行为后，自然资源主管部门会责令当事人立即停止违法行为，并限期改正。如果当事人拒不停止违法行为或者拒不改正，自然资源主管部门可以采取进一步的强制措施。
行政处罚：对于非法占地行为，自然资源主管部门可以根据违法情节的轻重，对当事人进行行政处罚，包括罚款、没收违法所得、责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施等。
申请强制执行：如果当事人在规定的期限内不履行行政处罚决定，自然资源主管部门可以依法申请人民法院强制执行。
三、特殊情况下的查处
如果非法占地行为涉及刑事犯罪：例如，非法占用农用地罪等，那么自然资源主管部门在查处过程中发现涉嫌犯罪的，应当及时将案件移送司法机关处理。司法机关将依法对犯罪嫌疑人进行刑事追究。
如果非法占地行为涉及多个部门职责：在这种情况下，各部门之间需要加强协调配合，形成合力进行查处。例如，自然资源主管部门可以与城市规划部门、环保部门等建立联合执法机制，共同打击非法占地行为。
四、建议与提醒
对于当事人：如果发现自己或他人存在非法占地行为，应当立即停止违法行为，并主动向自然资源主管部门报告情况，积极配合调查处理工作。这样可以减轻违法情节，避免受到更严厉的处罚。
对于公众：应当增强法律意识，遵守土地管理法律法规的规定，不非法占用土地进行建设或停放车辆等活动。如果发现身边存在非法占地行为，可以向自然资源主管部门举报，共同维护土地资源的合理利用和保护。
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