工程建设招标代理费原则上应由招标人支付，但具体承担方式可根据招标文件中的约定及实际情况来确定。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律法规背景
一般原则：
- 根据《招标代理服务收费管理暂行办法》及相关通知，工程招标代理费原则上应由招标人支付。这是法律法规对招标代理费支付主体的明确界定。
- 同时，《中华人民共和国民法典》中的合同自由和意思自治原则也适用，即如果招标人、招标代理机构与投标人之间就招标代理费的承担达成了其他约定，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该约定具有法律效力，各方应按照约定执行。
法律法规的解读：
- 《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例并未明确规定招标代理费的具体承担主体，但倾向于保护投标人的合法权益，确保招标过程的公平、公正和透明。因此，要求中标方承担招标代理费可能引发不公平竞争或腐败现象，这与法律精神相悖。
二、常见承担方式及合理性分析
招标人承担：
- 合理性：招标人是整个招标活动的发起者和主导者，由其支付招标代理费在逻辑上较为合理。此外，招标人支付的代理费可以计入工程前期费用中，作为工程成本的一部分进行核算。
- 实践应用：这种支付方式在政府投资的大型基础设施建设项目中较为常见，有助于规范和管理招标流程。
中标人承担：
- 合理性：部分招标项目中，特别是商业项目或特殊行业（如政府采购项目、某些大型工程项目），招标文件可能会明确规定招标代理费由中标人支付。这种方式相当于将招标成本转嫁给了中标人。但需注意，除非招标文件有明确说明并由投标人接受，否则不应由中标方承担。
- 实践应用：中标人在投标报价时，通常会将预计承担的招标代理费考虑在内，并从获得的合同金额中提取一定比例来支付。但这种方式可能引发不公平竞争，需谨慎使用。
双方分担：
- 合理性：在某些特殊情况下，经过招标人与投标人协商，也可能出现双方共同分担招标代理费的情况，以体现公平原则。
- 实践应用：具体分担比例和方式需由双方在合同中明确约定，以确保双方的权益得到保障。
三、实际操作建议
明确约定：
- 在招标文件、合同中明确约定招标代理费的承担方、支付方式及金额等关键信息，确保各方对费用承担有清晰的认知。这是避免后续争议的关键。
依法履行：
- 各方应严格遵守法律法规和合同约定，依法履行各自的义务。如果发生争议，应及时通过法律途径解决。
合理定价：
- 招标代理费的收费标准应遵循国家相关部门制定的收费标准或市场调节价，确保费用的合理性。若收费明显超出合理范围或存在违规收费情形，权益受损方可依法维护自身权益。
四、特殊情况下的费用承担
- 三方约定：如果招标人、招标代理机构与投标人之间另有约定，且该约定合法有效，那么招标代理费的承担方可能并非招标人，而是中标人或其他相关方。但这种情况需严格遵循法律法规和合同约定，确保不损害任何一方的合法权益。
- 招标文件及合同约定：招标文件及合同中关于招标代理费的具体约定也是确定承担方的重要依据。如果文件中明确规定了费用的承担方和支付方式，那么应严格按照约定执行。
总结：工程建设招标代理费的承担主体并非固定不变，而是应根据招标文件中的约定及实际情况来确定。在缺乏明确约定的情况下，原则上应由招标人支付招标代理费。但无论哪一方承担费用，都应确保收费的合理性和透明度，符合国家相关法律法规的规定。如果您在工程建设招标代理费方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。