在变更法定代表人起诉工商登记机关的案件中，原告应当是公司，而非法定代表人个人。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律关系主体分析
公司作为法人实体：
- 公司是独立的法人实体，具有法律上的权利能力和行为能力。法定代表人作为公司的代表，其变更属于公司内部治理结构的变化，应当由公司作为主体来主张相关权利。
- 当公司认为工商登记机关的登记行为侵犯其合法权益时，公司有权以自己的名义提起诉讼，要求撤销或变更登记。
法定代表人个人：
- 法定代表人个人并非变更登记行为的直接法律关系主体。虽然法定代表人的变更会影响其个人身份和职责，但这一变更本身并不直接赋予法定代表人个人对工商登记机关的起诉权。
- 法定代表人个人若认为其权益受到侵害，应当通过公司内部治理机制（如股东会、董事会决议等）来寻求救济，而非直接以个人名义起诉工商登记机关。
二、诉讼主体资格分析
公司诉讼主体资格：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，公司有权对侵犯其合法权益的行为提起诉讼。在变更法定代表人登记的案件中，若公司认为工商登记机关的登记行为存在错误或违法，公司有权作为原告提起诉讼。
法定代表人个人诉讼主体资格：
- 法定代表人个人并不具备直接起诉工商登记机关的主体资格。因为变更登记行为是针对公司的，而非直接针对法定代表人个人。法定代表人个人若对变更登记有异议，应当通过公司内部程序或法律途径（如提起股东代表诉讼等）来维护公司权益，进而间接维护自身权益。
三、实践操作与案例分析
实践操作：
- 在实际操作中，若公司需要变更法定代表人并起诉工商登记机关，应当由公司出具相关决议或文件，明确授权公司代表（如新任法定代表人或公司律师）以公司名义提起诉讼。
- 诉讼过程中，公司应当提供充分的证据证明工商登记机关的登记行为存在错误或违法，以及该错误或违法行为对公司造成了实际损害。
案例分析：
- 假设某公司因内部治理问题导致法定代表人变更，但工商登记机关未及时更新登记信息。此时，公司有权以自己名义起诉工商登记机关，要求其更新登记信息。在诉讼过程中，公司需要提供股东会决议、新任法定代表人身份证明等证据来支持其主张。
四、法律建议
对于公司：
- 在变更法定代表人时，应当及时与工商登记机关沟通，确保登记信息的准确性和及时性。
- 若发现工商登记机关的登记行为存在错误或违法，应当及时收集证据并考虑通过法律途径维护公司权益。
对于法定代表人个人：
- 若对变更登记有异议，应当通过公司内部程序或法律途径来寻求救济，而非直接以个人名义起诉工商登记机关。
- 可以咨询专业律师，了解自身权益和可能的救济途径。
综上所述，变更法定代表人起诉工商登记机关的案件中，原告应当是公司而非法定代表人个人。公司作为独立的法人实体，有权对侵犯其合法权益的行为提起诉讼。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。