若房款中部分款项被认定为赃款，且房屋因此被拍卖，处理方式需分情况讨论：

1. 赃款比例较小，不影响房屋整体合法性
   若赃款仅占房款极小比例（如购房款中仅部分资金来源非法，但大部分为合法收入），且购房时购房者对赃款不知情（无主观恶意），司法机关通常会优先保护合法交易部分。拍卖后，合法购房款对应的房屋价值部分会优先返还给原购房者或其合法继承人，赃款部分则依法追缴上缴国库。
   法律依据：根据《刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还。若购房者无过错，其合法财产权益受法律保护。

2. 赃款比例较高，或购房者明知资金非法
   若赃款占房款主要部分（如购房款全部或大部分为赃款），或购房者明知资金来源非法仍参与交易（如协助洗钱），则房屋可能被认定为“赃物”或“违法所得”，直接依法拍卖。拍卖所得全部上缴国库，购房者无权主张返还任何款项，且可能因掩饰、隐瞒犯罪所得罪被追究刑事责任。
   法律依据：根据《刑法》第三百一十二条，明知是犯罪所得及其产生的收益而予以窝藏、转移、收购、代为销售或以其他方法掩饰、隐瞒的，处三年以下有期徒刑、拘役或管制，并处或单处罚金。

3. 房屋已过户，但赃款被追缴后影响产权
   若房屋已合法过户至购房者名下，但后续因赃款问题被司法机关追缴，需区分两种情况：

   • 若购房者善意取得（不知情且支付合理对价），产权通常不受影响，但赃款部分仍需追缴；
     
   • 若购房者恶意取得（明知赃款仍购买），司法机关可撤销过户登记，房屋重新拍卖，拍卖所得优先退赔被害人损失，剩余部分上缴国库。
     法律依据：根据《民法典》第三百一十一条，无处分权人将不动产转让给受让人的，受让人受让该不动产时符合“善意、以合理价格转让、已登记”条件的，受让人取得不动产所有权。

建议：若您涉及此类案件，需立即整理购房合同、付款凭证、资金来源证明等材料，向司法机关说明情况。若您对具体操作流程或法律风险有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的案件细节提供针对性建议。