结论前置：工伤后公司报税是否合法，需分情况讨论。一般来说，工伤赔偿及工伤期间单位发放的工资，在符合相关规定的情况下，通常不需要缴纳个人所得税，但这并不意味着公司“报税”行为本身不合法，而是指这部分收入在税务处理上可能享有免税待遇。具体税务处理需依据法律法规及税务部门的解释确定。
详细分析：
工伤赔偿的税务处理：
- 根据《财政部 国家税务总局关于工伤职工取得的工伤保险待遇有关个人所得税政策的通知》（财税〔2012〕40号），工伤职工及其近亲属按照《工伤保险条例》规定取得的工伤保险待遇，包括一次性伤残补助金、伤残津贴、一次性工伤医疗补助金、一次性伤残就业补助金、工伤医疗待遇等，均免征个人所得税。
- 这意味着，如果公司报税时涉及的是这些工伤赔偿项目，且符合免税条件，那么公司无需为这些赔偿缴纳个人所得税，但这并不构成“不合法”的报税行为，而是依法享受了免税政策。
工伤期间单位发放工资的税务处理：
- 工伤期间单位发放的工资，实质上是对因工作遭受事故伤害或患职业病的职工的一种经济补偿，具有补贴或津贴的性质。在大多数情况下，这部分工资同样免征个人所得税。
- 然而，对于停工留薪期工资是否缴纳个人所得税，目前存在理解和做法上的争议。但实际操作中，大多数税务部门倾向于将工伤期间单位发放的工资视为对职工因工作受伤的一种补偿，因此免征个人所得税。
- 如果公司报税时涉及的是工伤期间发放的工资，且当地税务部门认可其免税性质，那么公司无需为这部分工资缴纳个人所得税，这同样不构成“不合法”的报税行为。
公司报税行为的合法性判断：
- 公司报税行为的合法性，主要取决于其是否按照法律法规的规定进行税务申报和缴纳。如果公司按照税法规定，正确申报了应税收入和免税收入，并缴纳了应缴纳的税款，那么其报税行为就是合法的。
- 如果公司错误地将免税收入申报为应税收入，或者未按照规定缴纳应缴纳的税款，那么其报税行为就可能构成违法。
建议与注意事项：
- 尽管在大多数情况下工伤赔偿及工伤期间单位发放的工资不需要缴纳个人所得税，但具体税务处理还需根据当地税务部门的解释和规定来确定。
- 如果您对公司报税行为有疑问，或者认为公司可能存在税务违法行为，建议您及时向我咨询，我会根据您的具体情况，结合相关法律法规和税务政策，为您提供专业的法律意见。
- 同时，您也可以向当地税务部门咨询，以获取更准确、更权威的税务解释和指导。
综上所述，工伤后公司报税是否合法，需根据具体情况和当地税务部门的解释来确定。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。