公司明确表示年假是按照进入本公司的年限计算，这一做法在多数情况下是合法的，但具体还需结合员工的工作年限及公司规章制度来判断。以下是对这一问题的详细分析：

法律依据

根据《职工带薪年休假条例》第三条的规定，职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；已满10年不满20年的，年休假10天；已满20年的，年休假15天。这里的“累计工作年限”是指职工在同一或者不同用人单位工作期间，以及依照法律、行政法规或者国务院规定视同工作期间，应当计为累计工作时间。然而，该条例并未明确规定年假的计算必须基于“累计工作年限”，而是赋予了用人单位一定的自主权，即用人单位可以根据自身情况，制定具体的年假制度。

公司自主权与合法性

1. 公司自主权：在法律框架内，公司有权根据自身的经营状况和员工管理需要，制定年假制度。因此，公司选择按照员工进入本公司的年限来计算年假，是其自主权的一种体现。

2. 合法性判断：

   • 若公司制度合法合规：如果公司的年假制度明确规定了按照员工在本公司的工作年限来计算年假，并且这一制度没有违反国家法律法规的强制性规定，也没有损害员工的合法权益，那么这一做法就是合法的。
   • 若公司制度违法或不合理：如果公司的年假制度违反了国家法律法规的强制性规定，比如未按照员工累计工作年限来给予相应的年假天数，或者存在其他不合理的限制条件，那么这一做法就是违法的。此外，如果公司制度虽然合法，但在执行过程中存在歧视性对待，比如对某些员工不给予年假或者给予的年假天数明显少于其他员工，那么这种执行方式也是不合理的。

实际操作建议

1. 审查公司制度：员工在入职时，应仔细审查公司的年假制度，了解年假的计算方式、天数以及享受条件等。如果发现公司制度存在违法或不合理之处，应及时向公司提出异议或寻求法律援助。

2. 保留证据：员工在享受年假过程中，应保留好相关证据，如年假申请单、审批单、休假记录等。这些证据在日后可能发生的劳动争议中，将起到重要的证明作用。

3. 协商与沟通：如果员工对公司年假制度有疑问或不满，应首先与公司进行协商和沟通。通过友好协商，往往能够达成双方都能接受的解决方案。

4. 寻求法律援助：如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。在法律援助机构的帮助下，员工可以更好地维护自己的合法权益。

总结来说，公司按照员工进入本公司的年限来计算年假，在多数情况下是合法的。但员工仍需仔细审查公司制度，确保自己的合法权益不受损害。如有任何疑问或不满，应及时与公司协商或寻求法律援助。如果您在年假方面遇到任何问题，可以直接向我咨询。