当政府以租代征的土地合同到期后，处理方式主要涉及承租方、出租方（通常为政府或政府授权机构）以及可能涉及的征用方（若土地后续被征用）的权益调整。以下是一个详细且有针对性的解答方案：

一、合同到期前的准备与审查

1. 审查合同条款：

   • 承租方应详细查阅租赁合同中关于合同期限、续租条件、征用条款（如有）、补偿机制及合同终止后的权利义务等关键条款。
   • 特别注意合同中是否有关于政府征用土地时的特别约定，包括补偿方式、标准、程序等。

2. 评估土地状况与投入：

   • 承租方应评估土地上的投入（如建筑物、设施、青苗等）及其价值，以便在合同到期或征用时作为补偿的依据。
   • 保留所有投入的相关证据，如发票、建设记录、照片视频等。

二、合同到期后的处理

1. 合同续租或终止：

   • 若合同中有续租条款且双方同意续租，则按照约定办理续租手续。
   • 若合同到期且未达成续租协议，或政府决定征用土地，则合同自然终止或按征用条款执行。

2. 补偿事宜：

   • 承租方：根据合同约定或法律法规，承租方有权获得相应的补偿，包括但不限于青苗补偿费、地上附着物补偿费、搬迁费等。
   • 出租方（政府）：应依法履行补偿义务，确保补偿公平、合理，并遵循法定程序。
   • 双方应就补偿标准、分配方式及腾退时间进行协商，力求达成共识。如协商不成，可寻求第三方调解或法律途径解决。

3. 腾退与交接：

   • 承租方应按约定时间完成腾退工作，确保土地及地上附着物的完好交付。
   • 出租方应验收土地及地上附着物，并办理相关交接手续。

三、注意事项

1. 保留证据：全程保留相关文件、证据，以备不时之需。特别是投入证明、损失清单、照片视频等，作为补偿申请的重要依据。
2. 法律咨询：对法律法规不熟悉时，应及时咨询专业律师，确保行为合法合规，维护自身合法权益。
3. 关注后续发展：若土地后续被征用，承租方应关注征用程序的合法性及补偿方案的合理性，必要时可提出异议或申请行政复议、行政诉讼等。

综上所述，政府以租代征的土地合同到期后，承租方应做好充分的准备与审查工作，与出租方（政府）就合同续租或终止、补偿事宜等进行积极协商与处理。同时，注意保留证据、寻求法律咨询及关注后续发展，以确保自身合法权益得到有效保障。