您好，关于如何认定处理违法设施农用地的问题，这是一个涉及法律法规和具体操作流程的复杂问题，我会尽量为您详细解答。
首先，我们需要明确什么是设施农用地。根据相关规定，设施农用地是指设施农业项目区域内直接用于经营性养殖的畜禽舍、工厂化作物栽培或水产养殖的生产设施用地、附属设施用地和配套设施用地，以及农村宅基地以外的晾晒场等农业设施用地。这些用地按农用地进行管理，不属于建设用地。
在认定设施农用地是否违法时，我们需要综合考虑以下几个因素：
项目是否属于设施农业项目：
- 首先要确认项目是否确实属于设施农业范畴，如畜禽养殖、工厂化作物栽培、水产养殖等。
是否办理设施农用地使用手续：
- 设施农用地需要办理相应的使用手续，包括向相关部门提交申请、获得批准等。如果未办理手续，则可能构成违法。
设施农业项目建设中具体用地是否符合设施农用地要求和标准：
- 即使项目属于设施农业，且已办理手续，但如果具体用地不符合设施农用地的要求和标准（如附属设施用地、配套设施用地超过规定比例和面积标准），也可能构成违法。
接下来，我们根据违法情况的不同，分别说明处理方式：
未办理设施农用地手续的：
- 对于确实属于设施农业项目但未办理手续的，应当责令当事人限期完善手续。
- 如果拒不办理，其附属设施用地、配套设施用地等改变农用地性质的部分，将视为违法建设用地，并依照《土地管理法》有关规定依法查处。
- 未改变农用地性质的部分，则不属于违法建设用地。
已办理手续但用地超标的：
- 对于已经办理设施农用地使用手续，但附属设施用地、配套设施用地超过规定比例和面积标准的，超过部分改变农用地性质的属于违法建设用地。
- 应当责令其限期改正，拒不改正的，将按照违法用地依法查处。
涉及非农业建设的：
- 如果设施农业项目建设中涉及经营性粮食存储、加工和农机农资存放、维修场所，以及以农业为依托的休闲观光度假场所等非农业建设用地，且未依法办理建设用地审批手续的，也属于违法建设用地。
- 这类用地应当依法查处，恢复农用地原状或补办相关手续。
以设施农业为名非法占用农用地的：
- 对于以设施农业项目建设为名擅自改变用途从事非农业建设占用土地的，属于严重违法行为。
- 这类行为应当依法严肃查处，包括拆除违法建筑、恢复土地原状、罚款等措施。
最后，我想强调的是，农村土地管理和使用必须严格遵守法律法规和政策规定。任何未经批准或擅自改变土地用途的行为都可能构成违法，并面临相应的法律责任。因此，在涉及设施农用地的问题上，建议您务必咨询当地相关部门或专业律师的意见，以确保合法合规使用土地。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。