您有权要求小偷赔偿被盗的1000元，具体可通过以下途径实现：

1. 刑事追赃程序
   若小偷已被抓获，公安机关会启动追赃程序。根据《刑事诉讼法》第101条，被害人因犯罪行为遭受物质损失的，有权在刑事诉讼中提起附带民事诉讼，要求赔偿。此时您需配合警方提供购车凭证、车内财物证明（如近期取款记录、车内监控录像等），证明被盗现金属于您所有且存放在车内。若赃款未被挥霍，公安机关会直接返还；若已挥霍，法院会在判决时责令退赔。

2. 民事侵权诉讼
   若刑事程序未完全弥补损失（如小偷未被抓获或无力赔偿），您可单独提起民事诉讼。根据《民法典》第1165条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应承担侵权责任。您需准备以下证据：

   • 证明所有权：购车合同、行驶证、车内财物清单（如近期取款凭证）；
     
   • 证明盗窃事实：报警回执、现场监控录像、指纹鉴定报告等；
     
   • 损失金额：银行取款记录、车内现金存放习惯说明（如“平时习惯在扶手箱存放千元现金”）。
     法院会根据证据链认定侵权事实，判决小偷赔偿。

3. 保险理赔（若投保相关险种）
   若您的车辆投保了“车内财物险”或“全车盗抢险”（需注意：部分盗抢险仅赔付车辆本身被盗，不涵盖车内财物），可向保险公司申请理赔。需提供保险合同、报警记录、损失清单等材料。但需注意保险条款中的免责情形（如车辆未锁导致被盗），避免理赔被拒。

行动建议：

• 立即报警并保留报警回执，这是后续所有程序的基础；
  
• 收集车内财物证据（如取款记录、车内监控），避免因证据不足导致维权困难；
  
• 若小偷身份明确，可同步向法院申请财产保全，防止其转移资产。
  

如有进一步疑问（如证据收集细节、诉讼流程），可直接向我咨询。