劳动合同中约定劳动保护用品扣款一般不合法，但存在例外情形。以下从不同角度进行分析：

1. 从法律规定角度
   根据《劳动合同法》第九条，用人单位招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。劳动保护用品是用人单位为保障劳动者在劳动过程中的安全与健康而提供的必要装备，属于用人单位的法定义务范畴。若劳动合同约定从劳动者工资中扣除劳动保护用品费用，本质上属于变相收取财物，违反了上述强制性规定，该条款通常会被认定为无效。

2. 从例外情形角度
   若劳动保护用品属于劳动者个人专属使用且可重复利用的物品（如特殊工种的安全帽、防护服等），且用人单位能证明以下两点，则可能被认定为合法：

   • 劳动者故意损坏或丢失：若劳动者因故意或重大过失导致劳动保护用品损坏或丢失，用人单位可依据规章制度要求劳动者赔偿，但赔偿金额需合理，且不得超过劳动者当月工资的20%（根据《工资支付暂行规定》第十六条）。
     
   • 劳动者自愿承担费用：若劳动者书面同意自行承担劳动保护用品费用，且该约定不损害劳动者基本权益（如不影响最低工资标准），部分地区司法实践可能认可其效力。但需注意，此类约定需严格遵循自愿、公平原则，用人单位不得通过格式条款强制劳动者接受。

3. 从实践操作角度
   即使劳动合同中有相关扣款约定，劳动者也有权拒绝不合理扣款。若用人单位强行扣款，劳动者可通过以下途径维权：

   • 与用人单位协商：要求用人单位出示扣款依据，并核对扣款金额是否合理。
     
   • 向劳动监察部门投诉：若用人单位无法提供合法依据，劳动者可向当地劳动保障监察大队举报，要求用人单位返还扣款。
     
   • 申请劳动仲裁：若投诉无果，劳动者可在劳动关系终止后一年内申请劳动仲裁，主张用人单位返还扣款并赔偿损失。

建议：若您的劳动合同中存在此类条款，可先与用人单位沟通，明确扣款依据及金额。若认为扣款不合理，可直接向我咨询具体维权方案。