结论：申请执行人和被执行人不同村，被执行人的农村自建房在一定条件下可以以物抵债给申请执行人，但存在诸多限制和特殊规定。以下分情况详细说明：

1. 农村自建房的产权性质及限制
   • 农村自建房通常建造在农村集体土地上，其产权受到土地性质的严格限制。根据我国现行法律，农村集体土地属于集体所有，村民仅享有宅基地使用权，且宅基地使用权具有身份属性，一般仅限本集体经济组织成员享有。这意味着，如果申请执行人不是被执行人所在村集体经济组织成员，从土地使用权的角度来看，直接将农村自建房以物抵债给申请执行人存在法律障碍。因为一旦房屋所有权转移，可能导致宅基地使用权也间接转移给非本集体经济组织成员，这与我国关于农村宅基地管理的规定相冲突。
   • 然而，如果申请执行人本身是被执行人所在村集体经济组织成员，或者通过合法途径（如符合宅基地申请条件并经相关部门批准）获得了该宅基地的使用权，那么从理论上来说，以物抵债在产权过户等方面可能相对更容易实现，但仍需满足一系列法定条件和程序。
2. 以物抵债的法定程序和条件
   • 以物抵债通常是在执行程序中，当被执行人无法以金钱履行债务时，经双方当事人同意或者经法院依法裁定，将被执行人的财产折价抵偿给申请执行人的一种执行方式。对于农村自建房以物抵债，首先要经过法院的执行程序。法院会对被执行人的财产状况进行调查核实，确认该农村自建房是否属于被执行人合法所有且可供执行的财产。
   • 在确定可以执行该房产后，若双方当事人协商一致同意以物抵债，需要签订以物抵债协议，并按照相关规定办理房产过户手续。但由于农村自建房的特殊性，过户手续不仅涉及房产登记部门的登记，还可能需要经过村集体经济组织的同意以及相关乡镇政府部门的审批等环节。如果无法达成协商一致，法院也可以根据案件具体情况，依法作出以物抵债的裁定，但同样需要遵循上述复杂的过户程序和审批要求。
3. 实际操作中的困难和风险
   • 即使满足了上述法律条件和程序要求，在实际操作中，农村自建房以物抵债仍可能面临诸多困难。例如，村集体经济组织可能出于维护集体利益和土地管理秩序的考虑，不同意将宅基地上的房屋转让给非本集体经济组织成员，从而阻碍过户手续的办理。
   • 此外，农村自建房的价值评估也是一个难题。由于农村房产市场相对不发达，缺乏统一、规范的评估标准和市场参考价格，可能导致房产价值评估不准确，进而影响以物抵债的公平性和合理性。如果评估价值过高，可能会损害被执行人的利益；如果评估价值过低，则可能无法充分保障申请执行人的债权实现。
   • 还有一种风险是，即使完成了以物抵债手续，申请执行人在实际使用和处置该房产时也可能受到限制。例如，在未来的拆迁补偿、房屋翻建等方面，可能会因为土地性质和政策规定等原因面临诸多不确定性和麻烦。