关于您提出的“劳动合同新合同变更了条款还有效吗”这一问题，这确实是一个涉及劳动合同法律效力的核心问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、新合同变更条款后的一般效力原则
当劳动合同经过双方协商一致并变更了条款后，新合同通常取代旧合同，成为双方权利义务的新依据。这一原则基于《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，即劳动合同的变更需要双方协商一致，并以书面形式确认。因此，只要变更过程遵循了平等自愿、协商一致的原则，且变更内容合法、明确，并采用书面形式进行了确认，那么变更后的劳动合同（即新合同）就具有法律效力。
二、新合同变更条款后可能保持旧合同部分条款有效的情况
尽管新合同通常取代旧合同，但在某些特殊情况下，旧合同中的某些条款或约定可能仍然有效。这主要包括以下几种情形：
约定延续部分条款：如果新旧两份合同中明确约定旧合同中的某些条款继续有效，那么这些特定条款在新合同生效后依然具有法律效力。例如，双方可能约定旧合同中的保密条款、竞业限制条款等在新合同中继续适用。
涉及未履行事项：若旧合同中有部分事项尚未履行完毕，且新合同未对这些事项进行重新约定或变更，那么在合理范围内，旧合同关于未履行事项的约定可能继续有效。比如，旧合同中约定了员工在特定项目中的奖金分配，但项目在新合同签订时仍未结束，且新合同未提及该项目奖金问题，那么旧合同中关于该项目奖金分配的条款仍可能具有法律效力。
新合同存在违法行为或违反强制性规定：如果新合同的签订存在欺诈、胁迫等违法行为，或者新合同的约定与法律法规相抵触，那么旧合同中的合法条款在一定条件下可能仍然有效，以保护双方的合法权益不受侵害。
三、确保新合同变更条款有效的建议
为了确保新合同变更条款后的法律效力，我建议您采取以下措施：
谨慎处理变更过程：劳动合同变更涉及双方权益，务必谨慎处理。在变更前，双方应充分沟通，明确变更的内容和目的，确保变更过程合法合规。
采用书面形式确认：所有变更均需采用书面形式进行确认，并由双方各执一份。这有助于确保权益清晰明确，避免未来可能出现的争议。
保护自身权益：在签订或变更劳动合同时，您应认真阅读合同条款，了解自己的权利和义务。如果对新合同中的某些条款存在疑问或不满，应及时与用人单位沟通并寻求解决方案。
综上所述，劳动合同新合同变更了条款后，其效力取决于变更过程是否遵循了平等自愿、协商一致的原则，以及变更内容是否合法、明确，并采用书面形式进行了确认。在特定条件下，旧合同中的某些条款或约定仍可能继续有效。因此，在处理劳动合同变更问题时，您应充分考虑各种因素，并遵循法律法规的相关规定。