在招投标活动结束后发现存在控股关系的公司同时投标，属于串通投标行为，将面临行政处罚，情节严重的还可能承担刑事责任，同时中标结果通常会被认定无效。具体分析如下：

一、行政处罚

根据《中华人民共和国招标投标法》第五十三条及《中华人民共和国招标投标法实施条例》第四十一条的规定，投标人之间存在控股关系而同时参与同一招标项目投标的，属于相互串通投标的情形。行政机关将依法对涉事单位作出以下处罚：

1. 罚款：对单位处以项目合同金额千分之五以上千分之十以下的罚款；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处单位罚款数额百分之五以上百分之十以下的罚款。
2. 没收违法所得：若通过串通投标获取违法所得的，将依法予以没收。
3. 取消投标资格：情节严重的，将取消涉事单位一定期限内（一至三年）参加依法必须进行招标的项目的投标资格，直至吊销营业执照。

二、中标结果处理

根据《中华人民共和国招标投标法》第五十三条，串通投标行为直接导致中标结果无效。招标人需从其余投标人中重新确定中标人，或重新组织招标。若已签订合同，该合同自始无效，涉事单位需承担缔约过失责任。

三、刑事责任（情节严重时）

若串通投标行为符合《中华人民共和国刑法》第二百二十三条规定的情形：

1. 损害招标人、其他投标人利益：如造成直接经济损失五十万元以上；
2. 违法所得数额较大：如通过串通投标非法获利十万元以上；
3. 采取威胁、欺骗等非法手段；
4. 两年内因串通投标受过二次以上行政处罚又串通投标。

涉事单位及直接责任人员可能被处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。

四、实务建议

1. 自查机制：招标人应在评标阶段通过企业信用信息公示系统、天眼查等工具核查投标人股权关系，防范风险。
2. 异议与投诉：其他投标人发现此类情形时，可在知道或应当知道之日起10日内向招标人提出异议，或直接向行政监督部门投诉。
3. 合规整改：涉事单位应立即停止违法行为，主动配合调查，并建立内部合规制度防止再次发生。

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