刑事案件中的重大程序违法情形主要包括以下几个方面：

1. 立案阶段：

   • 应当立案而不立案：对于符合立案条件的犯罪事实或犯罪嫌疑人，公安机关、人民检察院未予立案，这明显违反了法定程序，可能损害当事人的合法权益。例如，对于明显达到盗窃罪立案标准的案件，若被公安机关以各种理由拒绝立案，即构成程序违法。
   • 不应立案而立案：对没有犯罪事实或犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的案件予以立案侦查，这不仅浪费司法资源，还可能给当事人带来不必要的困扰和损失。

2. 侦查阶段：

   • 非法取证：通过刑讯逼供、暴力、威胁等非法方法收集犯罪嫌疑人、被告人供述和证人证言，或者采取偷录、窃听等手段侵害他人合法权益，以及通过不符合法定程序收集物证、书证，均属程序违法。这些行为严重损害了司法公正和当事人的合法权益。
   • 超期羁押：羁押时间超过法律规定期限，侵害了犯罪嫌疑人的人身自由权利，是严重的程序违法行为。
   • 违反回避规定：应当回避的侦查人员未回避，如案件侦查人员是犯罪嫌疑人的近亲属却未主动提出回避并参与案件侦查，这可能影响案件的公正性。
   • 未告知权利：未依法告知犯罪嫌疑人相关诉讼权利，剥夺了其知情权，也是程序违法的一种表现。
   • 非法搜查：执法人员未取得相应执法资格就进行搜查，或者搜查程序不符合法律规定，均属程序违法。

3. 审查起诉阶段：

   • 审查期限违法：人民检察院未在法定期限内对案件作出是否起诉的决定，导致案件拖延，损害了当事人的合法权益。
   • 未依法听取意见：应听取犯罪嫌疑人、辩护人、被害人及其诉讼代理人的意见而未听取，或未记录在案，可能遗漏重要信息，影响案件的公正处理。
   • 未严格遵循法定程序：如检察机关在审查起诉过程中未依法讯问犯罪嫌疑人，或超期审查、违规不起诉、违法退回补充侦查等，均属程序违法。

4. 审判阶段：

   • 管辖错误：法院受理并审判了不属于自己管辖范围的案件，可能导致审判不公正或后续程序混乱。
   • 审判组织不合法：合议庭法官人数不符合法律规定，或合议庭成员存在应回避而未回避的情形，影响案件公正审判。
   • 违反公开审判规定：依法应公开审判的案件未公开，或在公开审判过程中违反程序规定，限制公众、媒体监督权利，损害了司法透明度。
   • 剥夺被告人诉讼权利：未保障被告人获得辩护的权利，如未为符合条件的被告人指定法律援助律师；或限制被告人的陈述、辩论权利，使其无法充分表达观点和意见。
   • 违规采信证据：涂改、隐匿、伪造、偷换和故意损毁证据材料，或向合议庭、审判委员会汇报案情时隐瞒主要证据、重要情节和提供虚假材料，均属程序违法。
   • 违法判决：在制作诉讼文书时故意违背合议庭评议结果、审判委员会决定，或在审理案件时有贪污受贿、徇私舞弊、枉法裁判行为，均严重违反法定程序。
   • 超审限结案：未在法律规定审理期限内审结案件，导致案件久拖不决，损害当事人权益。

5. 其他情形：

   • 法定步骤缺省：未遵循或未全部遵循法定程序环节，缺少或省略了一定程序环节，如未依法进行开庭审理、未依法进行宣判等。
   • 违反法定时限：未在法律规定时限内完成相应诉讼活动，如未在法定期限内提起上诉、抗诉等。
   • 增设程序义务：为当事人增加法定程序以外的义务，如要求当事人提供不必要的证明材料、进行不必要的鉴定等。
   • 法定步骤颠倒：虽然经过了所有法定程序环节，但颠倒了程序顺序，如先判决后审理等。
   • 违反法定形式：当法律对行政行为有特别形式要求时，未以该形式作出即属程序违法，如未以书面形式作出行政处罚决定等。

重大程序违法的后果：

重大程序违法不仅损害当事人的合法权益，还严重影响司法公正和司法公信力。对于程序违法行为，当事人及其辩护人、诉讼代理人有权提出异议并要求纠正。司法机关在发现程序违法行为后，应当依法予以纠正，并视情节轻重对相关责任人员给予相应的纪律处分或法律制裁。

建议：

在面对刑事案件时，当事人及其家属应密切关注案件的程序进展，确保司法机关严格遵守法定程序。如发现程序违法行为，应及时向司法机关提出异议并要求纠正，以维护自身合法权益。同时，也可以向我咨询相关法律问题，我将根据具体情况提供专业的法律建议。