核心结论：无营运证电三轮小吃车被小车全责撞坏时，保险公司赔偿需分情况讨论，主要取决于电三轮的性质认定及保险条款约定。以下是具体分析：

1. 电三轮被认定为机动车但无营运证的情况
   若电三轮经鉴定属于机动车范畴（如设计时速、整备质量等超标），但未取得营运证，此时保险公司可能以“车辆未取得合法营运资质”为由，在商业险范围内拒赔或部分拒赔。但交强险部分仍需赔偿，因为交强险的赔偿不以车辆是否营运为前提，只要事故责任明确，保险公司就应在交强险财产损失限额（2000元）内赔偿。
   法律依据：根据《机动车交通事故责任强制保险条例》第21条，交强险赔偿范围为被保险机动车发生道路交通事故造成本车人员、被保险人以外的受害人人身伤亡、财产损失，且不区分车辆是否营运。

2. 电三轮被认定为非机动车的情况
   若电三轮被认定为非机动车（如符合国家标准），则无需营运证，保险公司无权以“无营运证”为由拒赔。此时，小车全责方（或其保险公司）需全额赔偿电三轮的损失，包括车辆维修费用、货物损失等。若小车投保了商业三者险，赔偿由保险公司承担；若未投保，则由小车车主自行承担。
   法律依据：根据《道路交通安全法》第76条，机动车与非机动车、行人之间发生交通事故，非机动车、行人无过错的，由机动车一方承担赔偿责任。

3. 保险公司拒赔时的应对措施
   若保险公司以“无营运证”为由拒赔，您可采取以下措施：

   • 核实电三轮性质：要求交警部门或鉴定机构出具电三轮是否属于机动车的认定书，若认定为非机动车，保险公司拒赔无依据；
     
   • 审查保险条款：查看小车投保的商业险条款，确认是否明确将“无营运证”列为免责条款，且保险公司是否尽到提示说明义务。若未尽到，该条款可能无效；
     
   • 诉讼维权：若协商无果，可向法院起诉，要求保险公司及小车车主赔偿损失。法院会根据事故责任、车辆性质、保险条款等综合判决。

建议：事故发生后，及时固定证据（如现场照片、维修清单、货物损失清单等），并要求交警部门出具事故责任认定书。若对保险公司赔偿方案有异议，可直接向我咨询，我会根据具体情况为您制定维权方案。