针对您提出的“学校自主实习要单位营业执照复印件是否合法”的问题，以下是我的详细解答：

首先，学校在安排学生自主实习时，确实需要确保实习单位的合法性和规范性，这是为了保障学生的实习权益和安全。根据《职业学校学生实习管理规定》的相关要求，职业学校在选择实习单位前，应进行实地考察评估，考察内容涵盖单位资质、诚信状况、管理水平等多个方面。其中，单位资质是评估实习单位是否合法经营的重要一环。

对于学生自行选择的自主实习单位，学校要求学生提供加盖公章的企业营业执照复印件，这一要求实际上是学校为了核实实习单位的合法性和真实性而采取的一种措施。企业营业执照是单位合法经营的凭证，提供复印件并加盖公章可以确保信息的真实性和有效性。

从法律角度来看，学校要求学生提供单位营业执照复印件并不违反相关法律法规。相反，这是学校履行管理职责、保障学生权益的一种体现。当然，学校在要求学生提供这些材料时，也应确保学生的个人信息和隐私得到保护，避免信息泄露和滥用。

对于您提到的“很多企业不能提供这两样东西”的问题，这可能是因为企业对于提供营业执照复印件存在顾虑或担忧。在这种情况下，学生可以与实习单位进行沟通，解释学校的要求和目的，争取企业的理解和支持。如果实习单位确实无法提供营业执照复印件，学生也可以向学校说明情况，寻求学校的帮助和指导。

综上所述，学校自主实习要求学生提供单位营业执照复印件是合法的，并且是为了保障学生的实习权益和安全。学生在遇到相关问题时，应积极与学校和实习单位进行沟通，寻求合理的解决方案。