结论：拖欠工资已过仲裁时效，能否拿着公司的欠条直接起诉，需根据欠条的性质及其与劳动关系的关联来判断。若欠条明确约定了欠款金额、还款时间等关键内容，且表明双方之间形成的是单纯的债权债务关系，可直接起诉；若欠条基于劳动关系产生，则需先经过劳动仲裁程序（尽管已过仲裁时效，但此程序仍为法定前置程序，不过实践中可能因时效问题面临不同处理结果），不过，在特定情况下，如欠条中明确约定了还款期限且已到期，劳动者仍可直接向法院提起诉讼。

一、可直接起诉的情况

当欠条明确约定了欠款金额、还款时间等关键内容，且该欠条能够清晰表明双方之间形成的是单纯的债权债务关系，即非基于劳动关系的普通债务时，劳动者可以依据此欠条直接向人民法院提起民事诉讼。此时，法院会将其作为普通的民事纠纷进行审理，并要求用人单位按照欠条约定支付欠款。

例子：假设劳动者与用人单位在劳动关系存续期间，用人单位因资金周转问题向劳动者出具欠条，明确约定了拖欠工资的金额及还款时间，且该欠条未涉及劳动关系的其他争议。在此情况下，劳动者可直接依据欠条向法院起诉。

二、需先经过劳动仲裁程序（或面临特殊处理）的情况

若欠条是因用人单位拖欠劳动者工资而出具，其本质上仍然基于双方的劳动关系产生的争议。根据我国《劳动争议调解仲裁法》的规定，此类劳动争议案件原则上需要先经过劳动仲裁前置程序。尽管已过仲裁时效，但此程序仍为法定前置程序。不过，在实践中，若欠条中明确约定了还款期限且已到期，或者用人单位对欠条无异议，劳动者仍有可能直接向法院提起诉讼。但需注意，若用人单位在仲裁或诉讼中提出时效抗辩，劳动者可能面临败诉风险。

具体流程与注意事项：

1. 申请劳动仲裁（尽管已过时效，但为法定程序）：

   • 劳动者应向劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料，如劳动合同、欠条、工作记录等，以证明双方存在劳动关系及工资拖欠的事实。
   • 仲裁委员会将审查申请材料，并决定是否受理。若受理，将安排开庭审理。

2. 仲裁裁决与后续诉讼：

   • 仲裁委员会将根据审理情况作出裁决。若劳动者对裁决不服，可在规定期限内向人民法院提起诉讼。
   • 在诉讼过程中，法院将全面审查案件事实及证据，并作出最终判决。

3. 起诉前的准备与注意事项：

   • 确保欠条内容清晰完整：欠条应明确记载欠款的具体金额、拖欠工资的原因、欠款人的相关信息等，以确保其法律效力。
   • 准备起诉状及相关证据：起诉状应详细陈述起诉的事实和理由，并附上欠条原件、身份证明、被告身份信息及其他与拖欠工资相关的证据材料。
   • 关注诉讼时效：尽管已过仲裁时效，但劳动者仍需关注一般诉讼时效的相关规定（通常为三年），以避免因时效问题而丧失诉讼权利。不过，在欠条明确约定还款期限且已到期的情况下，诉讼时效可能从还款期限届满之日起计算。
   • 尝试协商与投诉：在起诉前，劳动者可以尝试与用人单位协商解决拖欠工资的问题，或者向劳动监察部门投诉。这些途径可能更为便捷且成本较低。

三、特殊情况下的处理

若欠条中明确约定了还款期限且已到期，或者用人单位对欠条无异议并表示愿意支付欠款，劳动者可直接向法院提起诉讼，而无需先经过劳动仲裁程序。但在此情况下，劳动者仍需准备充分的证据材料，并关注诉讼时效问题。

建议：面对拖欠工资且已过仲裁时效的情况，劳动者应首先尝试与用人单位协商解决。若协商无果，且欠条性质明确为普通债权债务关系，可直接向法院起诉；若欠条基于劳动关系产生，则需考虑先经过劳动仲裁程序（尽管已过时效，但为法定程序），或在特定情况下直接向法院提起诉讼。在任何情况下，劳动者都应做好充分的准备工作，并注意诉讼时效和证据收集等问题，以确保自身的合法权益得到有效维护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。