当您发现老板发的工资少了一千时，这确实是一个需要认真对待的问题。为了有效维护您的合法权益，我建议您按照以下步骤来处理：

一、首先与老板进行沟通

1. 选择合适时机：找一个老板相对空闲且心情较好的时候进行沟通，这样更有可能得到积极的回应。
2. 保持冷静理智：在沟通过程中，避免情绪化，以平和的态度表达您的疑虑和诉求。
3. 明确表达疑虑：直接告诉老板您发现工资少发了一千，并询问具体原因。
4. 要求合理解释及补发：如果老板承认是失误或疏忽，应要求其立即补发；如果老板有异议，则要求其提供合理解释。

二、查阅劳动合同和工资条

1. 确认工资待遇：仔细查阅劳动合同中关于工资数额、支付方式等条款，确保自己的权益不受侵害。
2. 核对工资发放情况：通过工资条或银行流水等记录，核对实际发放的工资与应发工资是否一致。

三、向公司内部反映

1. 提交证据并说明情况：如果与老板沟通无果，您可以向公司的人力资源部门提交相关证据，并详细说明工资少发的情况。
2. 利用内部投诉渠道：如果公司设有内部投诉渠道，您也可以通过该渠道反馈问题，要求公司进行调查和处理。

四、向劳动行政部门投诉

1. 准备投诉材料：如果公司内部处理无效，您可以准备相关证据材料，如身份证复印件、用人单位工商登记信息、劳动合同、工资条等，向当地劳动监察部门投诉。
2. 填写投诉登记表：在劳动监察部门，您需要填写投诉登记表，详细说明投诉事项和要求。
3. 等待调查结果：劳动监察部门将依法对您的投诉进行调查，并反馈处理结果。

五、申请劳动仲裁

1. 提交仲裁申请：如果投诉未解决问题，或者您希望通过更具法律效力的途径解决纠纷，可以向劳动仲裁委员会提交仲裁申请。
2. 提供证据材料：在申请仲裁时，您需要提供相关证据材料，以支持您的诉求。
3. 等待仲裁裁决：仲裁委员会将依法审理您的案件，并作出裁决。仲裁裁决具有法律约束力，双方需履行。

六、提起诉讼（如必要）

1. 对仲裁结果不满意：如果您对仲裁结果不满意，可以在规定期限内向人民法院提起诉讼。
2. 继续提供证据：在诉讼过程中，您需要继续提供证据支持您的诉求。
3. 等待法院判决：法院将依法审理您的案件，并作出最终判决。

七、寻求法律援助

在整个过程中，如果您感到法律知识有限或遇到复杂问题，可以联系当地法律援助中心或律师事务所寻求帮助。他们可以提供专业的咨询和代理服务，帮助您更好地维护自己的合法权益。

八、保留好所有相关证据

在处理问题的整个过程中，务必保留好所有与工资发放相关的证据，包括但不限于劳动合同、工资条、银行流水、考勤记录、沟通记录等。这些证据是您维权行动的关键支撑，有助于证明您的权益受到侵害。

总之，当老板少发工资时，您应依据相关法律法规，通过沟通、投诉、劳动仲裁、诉讼等途径来维护自己的合法权益。同时，保持冷静理智、依法行事是解决问题的关键。希望这些建议能对您有所帮助。