迟到扣除20元工资是否合法，主要取决于企业规章制度的制定程序、扣工资额度是否合理，以及是否存在特殊情况等因素。以下是对这一问题的详细分析：

1. 规章制度制定程序合法性：

   • 企业规章制度，包括迟到扣工资的规定，必须通过民主程序制定，即经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
   • 规章制度制定后，应向员工公示或告知，如通过公司公告栏张贴、员工手册发放并要求签字确认等方式，确保员工知晓并同意相关规定。
   • 若规章制度未经法定程序制定或未向员工公示，则对劳动者不具有法律约束力，此时扣除工资的行为可能不合法。

2. 扣工资额度合理性：

   • 扣罚金额应合理，不能过高，且应符合《工资支付暂行规定》中关于扣除比例和最低工资标准的限制。具体来说，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 若迟到扣除20元工资后，剩余工资仍不低于当地最低工资标准，且该扣除标准在规章制度中有明确规定，且该规章制度制定程序合法，则这种扣除行为可能是合法的。反之，若扣除后工资低于最低工资标准，或规章制度中未明确规定，或制定程序不合法，则扣除行为可能不合法。

3. 特殊情况处理：

   • 若员工因不可抗力等合理原因导致迟到，如自然灾害、交通堵塞等，企业应考虑实际情况，避免盲目扣工资。
   • 对于无故迟到的情况，企业在合理范围内扣工资是合法的，但需确保扣除金额和方式符合上述规定。

实际操作建议：

• 企业应制定完善的规章制度，明确工作时间、迟到扣罚措施等内容，并确保规章制度的制定程序合法、内容合理。
• 规章制度制定后，应及时向员工公示或告知，确保员工了解并同意相关规定，避免因此产生纠纷。
• 在执行迟到扣工资时，企业应遵循公平、公正的原则，根据迟到情况合理扣款，避免过度处罚影响员工的工作积极性和满意度。
• 若员工认为企业的迟到扣工资行为不合法或存在争议，可与用人单位协商解决；协商不成的，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

综上所述，迟到扣除20元工资的合法性取决于多个因素的综合考量。企业在制定和执行相关规章制度时，应严格遵守法律法规的要求，确保劳动者的合法权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。