结论前置：母公司通常有权任命全资子公司的人员为项目负责人，但这一行为需遵循一定的法律和公司治理原则。

1. 从公司治理结构角度分析：

• 母公司与子公司的关系：母公司作为子公司的控股股东，对子公司具有控制权。这种控制权体现在母公司有权决定子公司的重大经营决策，包括但不限于人事任命、财务决策、业务方向等。
• 全资子公司的特殊性：全资子公司意味着母公司持有子公司100%的股权，因此母公司对子公司的控制权更为绝对。在全资子公司中，母公司可以更加直接地行使其控制权，包括任命项目负责人。

2. 从法律角度分析：

• 公司法规定：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，股东有权选举和更换非由职工代表担任的董事、监事，决定有关董事、监事的报酬事项。虽然直接的法律条文可能并未明确提及母公司任命子公司项目负责人的权利，但基于母公司对子公司的控制权，可以合理推断母公司有权在子公司内部进行人事任命，包括项目负责人。
• 合同与章程约定：母公司与子公司之间的权利义务关系还可能受到双方签订的合同以及子公司章程的约束。如果合同或章程中明确规定了母公司有权任命子公司项目负责人，那么这一行为就具有明确的法律依据。

3. 实际操作中的注意事项：

• 尊重子公司自治：尽管母公司对子公司具有控制权，但在实际操作中，仍应尊重子公司的自治原则。母公司任命项目负责人时，应考虑子公司的实际经营需要和人员配置情况，避免对子公司的正常运营造成不必要的干扰。
• 遵守内部决策程序：母公司任命子公司项目负责人时，应遵守子公司内部的决策程序，如董事会决议、股东会决议等。这有助于确保任命行为的合法性和有效性。
• 避免利益冲突：母公司在任命子公司项目负责人时，应避免利益冲突的情况发生。例如，被任命的项目负责人不应与母公司或子公司存在利益关联，以确保其能够公正、客观地履行职责。

4. 可能的法律后果：

• 如果任命行为合法合规：那么母公司任命的全资子公司项目负责人将具有合法的职权，可以代表子公司进行项目管理、决策等活动。
• 如果任命行为存在瑕疵：如未遵守子公司内部决策程序、存在利益冲突等，那么这一任命行为可能面临被撤销或无效的风险。同时，相关责任人员也可能面临法律责任。

建议：在实际操作中，母公司任命全资子公司项目负责人时，应确保任命行为的合法性和合规性，遵守相关法律法规和公司章程的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。