行政处罚调查案由的变更通常发生在调查取证阶段或调查终结阶段，具体取决于案件实际情况和证据收集情况。以下是对这一问题的详细分析：

1. 调查取证阶段：

   • 在行政处罚的调查过程中，如果初步认定的案由与后续调查收集到的证据不符，或者发现了新的违法事实，调查人员应当及时调整案由。
   • 例如，最初以“未按规定申报环保设施”为案由展开调查，但在调查过程中发现实际问题是“环保设施未正常运行”，此时就应当变更案由为“环保设施未正常运行”。
   • 变更案由的依据应当是充分、确凿的证据，确保变更后的案由与案件事实相符。

2. 调查终结阶段：

   • 在调查终结时，如果调查人员认为初步认定的案由与案件事实不符，或者存在多个违法事实需要分别处理，也应当在调查终结报告中明确变更案由。
   • 调查终结报告是行政处罚决定的重要依据，其中应当详细阐述变更案由的理由和证据。
   • 变更案由后，行政机关应当根据新的案由重新进行审查，确保行政处罚的合法性和合理性。

在变更案由时，行政机关应当遵循以下原则：

• 合法性原则：变更案由必须基于充分、确凿的证据，确保变更后的案由符合法律法规的规定。
• 合理性原则：变更案由应当与案件事实相符，避免主观臆断或随意变更。
• 程序正当原则：变更案由应当遵循法定的程序，如制作变更案由的书面材料、告知当事人变更情况等。

若对行政处罚调查案由的变更存在疑问或争议，可以直接向我咨询，我会结合具体案情和法律法规，为你提供专业、详细的解答。