在行政处罚案件中，调查程序是行政机关查明案件事实、收集证据并决定是否给予行政处罚的关键环节。这一过程必须严格遵循法定程序，以确保公正、合法，并充分保障当事人的合法权益。以下是行政处罚案件中需要调查的主要内容：

一、立案与初步调查

1. 立案：行政机关在发现公民、法人或其他组织有依法应受行政处罚的行为时，应及时立案，这是调查程序的起点。

2. 初步调查：立案后，行政机关需全面、客观、公正地展开初步调查，收集与案件相关的初步证据，以判断案件是否具备进一步深入调查的价值。

二、执法人员要求与告知义务

1. 执法人员数量与证件出示：调查或检查时，执法人员不得少于两人，并向当事人或有关人员出示执法证件。这是确保调查合法性的重要步骤，未出示证件的，当事人有权拒绝接受调查或检查。

2. 告知权利：执法人员需明确告知当事人作出行政处罚决定的事实、理由及依据，以及当事人享有的陈述权、申辩权等。这是保障当事人知情权、参与权的重要体现。

三、深入调查取证

1. 证据种类与收集方式：

   • 证据包括书证、物证、视听资料、电子数据、证人证言、当事人陈述、鉴定意见、勘验笔录、现场笔录等。这些证据必须经查证属实，方可作为定案根据。
   • 行政机关可采取抽样取证方法，或在证据可能灭失、难以取得时，经负责人批准先行登记保存，并在七日内作出处理决定。期间，当事人不得销毁或转移证据。

2. 询问与检查：

   • 执法人员可询问当事人或有关人员，询问应个别进行并制作笔录，以确保询问内容的真实性和准确性。
   • 行政机关可对与违法行为有关的场所、物品、人身进行检查，制作检查笔录并由相关人员签名，以固定现场情况。

四、回避制度

1. 执法人员回避：执法人员与案件有直接利害关系或其他可能影响公正执法的情形时，应主动回避，以确保调查的公正性。

2. 当事人申请回避：当事人认为执法人员存在上述情形的，有权申请回避。行政机关应依法审查并决定是否回避。回避决定作出前，不停止调查。

五、调查期限与终结处理

1. 调查期限：虽然《行政处罚法》未统一规定调查期限，但部分行政法规、地方性法规对特定领域有明确规定的，行政机关应在相应期限内完成调查。

2. 调查终结处理：调查终结后，行政机关负责人应对调查结果进行审查，并根据情况分别作出决定：

   • 确有违法行为的，根据情节轻重作出行政处罚决定；
   • 违法行为轻微可不予处罚的，不予行政处罚；
   • 违法事实不成立的，不予行政处罚；
   • 涉嫌犯罪的，移送司法机关处理。
   • 对情节复杂或重大违法行为，行政机关负责人应集体讨论决定。

六、当事人权利保障

在整个调查过程中，当事人有权进行陈述和申辩，对行政机关的调查行为提出异议或申诉。行政机关必须充分听取当事人的意见，对提出的事实、理由和证据进行复核，成立的应予采纳，且不得因陈述、申辩而加重处罚。

综上所述，行政处罚案件中的调查程序是一个严谨、法定的过程，涉及立案、执法人员要求、深入调查取证、回避制度、调查期限与终结处理以及当事人权利保障等多个方面。行政机关应严格遵守相关规定，确保调查的公正性、合法性和合理性，充分保障当事人的合法权益。