约定关联公司住所地法院管辖，在符合法定条件的情况下是有效的。以下是对此问题的详细分析：
有效的情况
协议管辖符合法定条件：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条，合同或其他财产权益纠纷的当事人，可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。若关联公司之间的约定符合这一规定，即选择了与争议有实际联系的地点（如关联公司住所地）的法院管辖，且该约定以书面形式作出，则该约定是有效的。
- 实例说明：假设甲公司和乙公司是关联公司，它们在一份合作协议中约定：“因本协议产生的任何争议，双方同意提交至各自住所地法院管辖。”若该约定符合书面形式要求，且与争议有实际联系，则此约定有效。
视为选择由原告住所地法院管辖的一种形式：
- 在某些情况下，当事人约定双方所在地法院管辖，可理解为选择由原告住所地人民法院管辖的一种形式。这种约定在形式上符合民事诉讼法关于协议管辖的规定，因此也是有效的。
无效的情况
超出法定适用范围：
- 协议管辖不适用于涉及人身关系的纠纷，如婚姻、收养、监护、抚养、继承等。若关联公司之间的约定涉及这些领域，则该约定无效。
违反级别管辖：
- 级别管辖是指按照一定标准划分上下级法院受理第一审民事案件的分工和权限。若关联公司之间的约定违反了级别管辖的规定，如约定由基层法院管辖应由中级人民法院管辖的案件，则该约定无效。
违反专属管辖：
- 专属管辖是指法律强制规定某些案件只能由特定的人民法院管辖。如不动产纠纷由不动产所在地法院管辖。若关联公司之间的约定违反了专属管辖的规定，如约定由非不动产所在地法院管辖不动产纠纷，则该约定无效。
特殊情况处理
- 若关联公司已分别向所在地人民法院提起诉讼，则由先立案的人民法院管辖。若立案时间难以分清先后，则由两地人民法院协商解决；协商不成的，由它们的共同上级人民法院指定管辖。
法律建议
- 在约定关联公司住所地法院管辖时，应确保该约定符合《中华人民共和国民事诉讼法》关于协议管辖的规定，且不违反级别管辖和专属管辖。
- 约定应以书面形式作出，并明确约定管辖的法院与争议有实际联系。
- 若对约定管辖的效力存在疑问，建议咨询专业律师进行审查，以确保约定的合法性和有效性。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。