结论前置：针对您提出的“连锁药店不想干了，总公司不给注销怎么办”的问题，这主要涉及到公司解散与注销的法律程序，以及总公司与分公司或子公司之间的法律关系。以下是从不同角度给出的详细解答。
一、明确法律关系与注销主体
法律关系梳理：
- 首先，需要明确您所在的连锁药店是总公司的分公司还是子公司。分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担；而子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
- 如果是分公司，注销程序通常需由总公司启动，因为分公司本身不具备独立注销的资格。
- 如果是子公司，子公司有权自行决定是否注销，但需遵循相关法律法规和公司章程的规定。
注销主体确定：
- 对于分公司，若总公司不同意注销，您可能需要通过内部协商或法律途径（如提起诉讼）要求总公司履行注销义务。
- 对于子公司，若子公司决定注销但总公司（作为股东）不同意，子公司需按照公司章程和法律法规的规定，通过股东会决议等方式推进注销程序。若无法形成有效决议，子公司可能需考虑通过法律途径解决股东之间的分歧。
二、注销程序与法律要求
分公司注销程序：
- 分公司注销通常涉及税务清算、工商注销等步骤。需向税务机关申报清税，并取得清税证明；然后向工商行政管理部门提交注销申请，包括注销登记申请书、清税证明、分公司营业执照等材料。
- 若总公司不配合，您可尝试与总公司沟通，说明注销的必要性和合法性；若沟通无果，可考虑通过法律途径（如提起诉讼）要求总公司履行注销义务。
子公司注销程序：
- 子公司注销需遵循《公司法》等相关法律法规的规定，包括编制资产负债表及财产清单、通知债权人、公告等步骤。
- 子公司需召开股东会，形成注销决议，并按照决议内容推进注销程序。若总公司（作为股东）不同意注销，子公司可尝试通过协商、调解等方式解决分歧；若无法达成一致，子公司可考虑通过法律途径（如提起公司解散之诉）解决。
三、法律后果与风险提示
法律后果：
- 若分公司或子公司未依法进行注销，可能面临工商行政管理部门、税务机关等部门的处罚，包括罚款、吊销营业执照等。
- 未注销的公司可能继续承担民事责任，如债务清偿、合同履行等，给股东或相关方带来不必要的法律风险。
风险提示：
- 在推进注销程序过程中，需确保所有步骤均符合法律法规的要求，避免因程序瑕疵导致注销无效或面临法律处罚。
- 若与总公司或股东之间存在分歧，建议通过协商、调解等和平方式解决；若无法达成一致，可考虑通过法律途径解决，但需做好充分的法律准备和风险评估。
四、具体建议
内部协商：
- 首先尝试与总公司或股东进行内部协商，说明注销的必要性和合法性，争取达成一致意见。
法律途径：
- 若内部协商无果，可考虑通过法律途径解决。对于分公司，可提起诉讼要求总公司履行注销义务；对于子公司，可提起公司解散之诉或股东会决议撤销之诉等。
专业咨询：
- 在推进注销程序或法律途径过程中，建议咨询专业律师的意见，以确保所有步骤均符合法律法规的要求，并降低法律风险。
最后，注销公司是一个复杂的法律程序，涉及多个方面的法律要求和风险。若您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。