在法院里，借款人盖手印的借款凭证通常是有效的，但具体效力需结合凭证内容、形成过程及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 手印的法律效力
   根据《民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。因此，手印与签字、盖章具有同等法律效力，能证明借款人对借款事实的认可。若凭证内容完整（如借款金额、期限、利息等），且手印真实，法院一般会认定其有效性。

2. 凭证内容完整性要求
   若借款凭证仅盖手印但缺乏关键信息（如出借人姓名、借款金额、还款时间等），可能因内容不明确被法院认定无效。例如，仅写“今借到钱”并盖手印，因无法确定具体金额和对象，可能不被采信。建议凭证内容需明确具体，避免模糊表述。

3. 形成过程的合法性
   若手印是在借款人自愿、清醒状态下按捺，且无胁迫、欺诈等情形，凭证有效；但若借款人主张手印系被强迫按捺，需提供证据（如录音、证人证言等）证明非真实意思表示，法院可能认定凭证无效。关键点：手印需体现借款人真实意愿。

4. 与其他证据的印证
   即使借款凭证盖手印，若出借人无法提供转账记录、收条等辅助证据证明资金实际交付，法院可能因“仅有借款合意无实际履行”驳回诉求。建议：凭证与交付证据（如银行流水、现金收条）相互印证。

5. 特殊情形：借条与欠条的区别

   • 若凭证标题为“借条”，通常直接证明借贷关系；
     
   • 若标题为“欠条”，可能需额外证明欠款原因（如买卖、劳务等），否则法院可能要求出借人进一步举证。建议：明确凭证标题为“借条”并注明借款用途。

总结：盖手印的借款凭证在内容完整、形成合法、有交付证据时有效，但需注意细节避免瑕疵。若您遇到具体纠纷，可直接向我咨询，我会结合凭证内容、证据链及司法实践为您详细分析。