当公司面临员工申请仲裁的情况时，确实需要采取一系列妥善且系统的步骤来应对，以确保公司的合法权益得到维护，同时促进劳动关系的和谐稳定。以下是我为您详细梳理的应对策略：

一、初步响应与沟通协商

1. 及时签收与审查：公司在收到仲裁通知及相关文书后，应立即仔细查看，明确员工的诉求、依据及开庭时间、地点等关键信息。这是应对仲裁的第一步，也是后续所有行动的基础。

2. 主动沟通：在了解员工诉求后，公司应主动与员工进行初步沟通，尝试了解其具体原因和期望的解决方案。这有助于为后续的协商或抗辩打下基础，也可能直接促成双方的和解。

3. 协商和解：在明确员工诉求的基础上，公司应积极尝试通过协商达成一致意见。如果双方都有和解的意愿，可以制定一个合理的和解方案，从而避免进一步的法律纠纷。

4. 第三方调解：若协商无果，公司可以考虑寻求第三方调解组织的帮助，如企业劳动争议调解委员会或基层人民调解组织。这些组织通常具有更客观、公正的立场，有助于推动双方达成和解。

二、组建应对团队与收集证据

1. 组建专业团队：公司应由法务人员牵头，联合人力资源部门相关人员及该员工的直属上级，共同组成应对团队。这个团队将负责整个仲裁过程的应对工作。

2. 全面收集证据：团队需要全面收集和整理相关证据，包括但不限于劳动合同、规章制度、工资支付记录、考勤记录、工作交接记录及沟通记录等。这些证据将用于证明公司的立场和行为的合法性。

三、分析仲裁请求与制定应对策略

1. 深入分析请求：应对团队需要共同研究员工的仲裁请求，结合收集到的证据进行深入分析，判断其合理性及法律依据。这是制定应对策略的关键步骤。

2. 制定应对策略：根据分析结果，团队应制定相应的应对策略。如果公司确实存在过错，可以考虑和解；如果公司无过错，则应积极准备抗辩，确定答辩要点。

四、撰写答辩书与参加仲裁庭审

1. 撰写答辩书：在规定时间内，公司需要提交答辩书，清晰、有条理地阐述公司的观点和理由，并附上相关证据清单及说明。答辩书是公司在仲裁过程中表达立场和诉求的重要文件。

2. 参加庭审：公司应提前安排好出庭人员，确保其熟悉案件情况、证据和答辩思路。在庭审中，出庭人员需要遵守纪律，按照仲裁员的指引进行陈述、答辩、举证、质证等环节。

五、加强人事管理与防范法律风险

1. 完善管理：公司应加强对员工的人事管理，确保签订书面劳动合同，并明确双方的权利和义务。同时，定期审查和更新人事管理制度，确保其符合相关法律法规要求。

2. 规范行为：公司应严格执行劳动相关法律法规，规范用工行为，降低劳动争议和法律风险的发生概率。这包括但不限于按时支付工资、提供必要的劳动保护条件等。

3. 提升法律意识：公司可以定期对员工进行劳动法律法规培训，提高员工的法律意识，预防劳动争议的发生。同时，也可以聘请专业法律顾问，为公司提供法律支持和帮助。

六、尊重并执行仲裁结果

1. 尊重裁决：无论仲裁结果如何，公司都应尊重并执行仲裁裁决，按照裁决内容履行相关义务。这是维护法律尊严和公司信誉的重要体现。

2. 法律救济：如果公司对仲裁结果不服，可以在法律规定的期限内向人民法院提起诉讼，寻求进一步的法律救济。但在此之前，公司应确保已经充分行使了仲裁过程中的各项权利。

综上所述，公司在面对员工申请仲裁时，应秉持积极沟通、依法应对、加强防范、尊重裁决的原则，通过全面而系统的应对策略来维护自身的合法权益，同时促进劳动关系的和谐稳定发展。