员工迟到后主动补时，公司扣工资是否合法需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
合法扣工资的情形
规章制度明确且合法制定：
- 若公司规章制度中明确规定了迟到扣工资的标准，且该规章制度的制定程序合法（如经过职工代表大会或全体职工讨论、协商确定），并已向员工公示或告知，那么公司依据规章制度扣工资是合法的。例如，规章制度规定每月迟到累计达一定次数后，每次扣除相应金额且扣除比例合理，员工知晓该规定后迟到，公司依此扣工资，通常被认可。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动法》第四条规定，用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。《中华人民共和国劳动合同法》第四条也强调了用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬等直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
劳动合同有约定：
- 若劳动合同中明确约定了迟到扣工资的标准，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照约定扣工资也是合法的。
扣除金额合理：
- 扣除的工资部分不能超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。这是为了保护劳动者的基本生活需求，防止公司过度扣减工资。
不合法扣工资的情形
无规章制度依据：
- 如果公司没有制定相关的规章制度，或者规章制度中未明确迟到扣工资的规定，那么公司随意扣工资是不合法的。
规章制度制定程序不合法：
- 如果规章制度的制定未经民主程序，或未向劳动者公示，那么依据这样的规章制度扣工资也是不合法的。
扣除金额过高或违反最低工资标准：
- 如果扣除的工资超过了劳动者当月工资的20%，或者扣除后的剩余工资低于当地最低工资标准，那么这种扣工资行为也是不合法的。
特殊情况处理
- 在特殊情况下，如员工因不可抗力（如自然灾害、交通堵塞等）或公司安排的事务而迟到，公司应合理考虑并不予扣工资。这体现了公司对员工的人文关怀和合理管理。
法律建议与维权途径
- 法律建议：作为员工，应了解公司的规章制度和劳动合同中的相关约定，确保自己的权益不受侵害。同时，公司也应依法制定和完善规章制度，确保扣工资行为的合法性和合理性。
- 维权途径：如果员工认为公司的扣工资行为不合法，可以先与公司进行沟通协商，要求其说明扣工资依据。若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总结来说，员工迟到后主动补时，公司扣工资是否合法取决于公司的规章制度是否明确、合法制定以及扣除金额是否合理等因素。员工应了解自己的权益和义务，并在必要时采取合适的法律手段来维护自己的合法权益。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。