员工上班迟到扣工资是否合法，需根据具体情况判断，在符合一定条件下是合法的，反之则不合法。以下从合法与不合法两种情况分别进行分析：
合法情况
规章制度明确且合法有效
- 用人单位应通过民主程序（如职工代表大会或全体职工大会）制定包含迟到扣工资相关内容的规章制度，并确保内容合法合理。例如，规章制度中明确规定每月迟到累计次数、每次扣除的工资比例等，且这些规定不能明显超出合理范围。
- 用人单位需将规章制度向员工进行公示或告知，确保员工清楚知晓迟到会被扣除工资及具体的扣除标准。比如，在员工入职时发放员工手册，其中包含迟到扣工资的规定，并要求员工签字确认。
扣款额度合理
- 扣罚的金额不能过高，不能使得员工的工资低于当地最低工资标准。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可从劳动者工资中扣除赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。例如，员工当月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元，那么每月最多扣除1000元（5000×20%），扣除后工资不得低于2000元。
符合劳动合同约定
- 如果在劳动合同中明确约定了迟到扣工资的相关条款，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位按照合同约定对迟到员工扣工资是合法的。比如，劳动合同中约定“员工每月迟到超过3次，每次扣除当月工资的5%”。
无特殊情况
- 员工迟到并非因不可抗力等合理原因，而是无故迟到，用人单位在合理范围内扣工资是可以的。例如，员工因个人原因睡过头导致迟到，用人单位按照规章制度扣除相应工资。
不合法情况
缺乏制度依据或未经法定程序制定
- 用人单位没有制定相关的规章制度，或者规章制度的制定没有经过民主程序，直接对迟到员工扣工资就缺乏合法依据。比如，用人单位未经过职工代表大会讨论，也未与工会或职工代表平等协商，就擅自制定迟到扣工资的规定。
扣款额度不合理
- 扣罚的金额过高，明显超出了合理范围，甚至导致员工的工资低于当地最低工资标准，这种扣工资行为是不合法的。例如，员工当月工资为3000元，当地最低工资标准为2000元，用人单位却扣除2000元，导致员工工资仅为1000元，低于最低工资标准。
存在特殊情况
- 若员工因不可抗力等合理原因导致迟到，如自然灾害、突发疾病等，用人单位仍扣工资则不合理且不合法。比如，员工在上班途中遇到地震，导致交通瘫痪而迟到，用人单位不应扣除其工资。
劳动者权益保护
若劳动者认为企业的扣款行为不合法或不合理，可以采取以下措施维护自己的合法权益：
- 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行沟通，要求其按照法律规定和合同约定支付工资。例如，劳动者可以与上级领导或人力资源部门沟通，说明自己的情况，要求返还被不合理扣除的工资。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门介入调查并处理。劳动监察部门会对用人单位的规章制度、扣款情况等进行调查，如发现违法行为，会责令用人单位改正。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：在必要时，劳动者还可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，或向人民法院提起诉讼，请求裁决并拿回自己应得的劳动报酬。劳动仲裁委员会或法院会根据相关法律法规和证据，对案件进行审理并作出裁决。
综上所述，员工上班迟到被扣工资的合法性需根据具体情况判断。用人单位应依法制定规章制度并合理行使用工自主权；劳动者也应了解自己的权益并采取合法途径维护自己的利益。如果你在这方面还有其他疑问，可以直接向我咨询。