消控室值班人员两人值班时，若有一人擅自不上班，该行为确实违法，并可能面临相应的法律责任。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、法律责任角度

1. 行政处罚：

   • 根据《中华人民共和国消防法》的相关规定，虽然直接条款并未明确提及“两人值班一人擅自不上班”的具体处罚，但此类行为可能构成违反消防安全规定或未履行消防安全职责。若因此导致火灾隐患或影响火灾应急响应，相关责任人员可能面临警告、罚款甚至拘留的处罚。特别是，如果这种擅自离岗的行为被认定为“过失引起火灾”的间接因素（尽管需要具体情节支撑），则可能依据《中华人民共和国消防法》第六十四条的规定，处十日以上十五日以下拘留，可以并处五百元以下罚款；情节较轻的，处警告或者五百元以下罚款。不过，这一条款的直接适用需要具体情节的支撑，即擅自离岗与火灾发生或扩大有直接因果关系。

2. 单位责任：

   • 消控室作为单位消防安全的重要环节，其值班人员的擅自离岗可能反映出单位在消防安全管理上的漏洞。单位可能因此面临消防部门的检查、整改要求，甚至行政处罚。

二、实际操作与建议角度

1. 立即纠正：

   • 一旦发现消控室值班人员擅自不上班，单位应立即采取措施，如安排其他合格人员顶班，确保消控室24小时有人值班。

2. 内部调查与处理：

   • 单位应启动内部调查程序，查明擅自离岗的原因和责任人员。根据调查结果，对责任人员进行相应的纪律处分，如警告、罚款、解雇等。

3. 加强培训与教育：

   • 单位应加强对消控室值班人员的培训和教育，提高其消防安全意识和责任感。确保值班人员了解并遵守相关消防安全规定和值班制度。

4. 完善制度与监督：

   • 单位应完善消控室值班制度，明确值班人员的职责和要求。同时，建立有效的监督机制，定期对消控室值班情况进行检查和评估。

三、法律后果与预防角度

1. 法律后果：

   • 擅自离岗的值班人员可能面临行政处罚，单位也可能因此受到牵连。在极端情况下，如果擅自离岗导致火灾发生或扩大，相关责任人员还可能承担刑事责任。

2. 预防措施：

   • 为预防类似事件的发生，单位应建立健全的消防安全管理制度和值班制度。同时，加强对值班人员的培训和监督，确保其严格遵守相关规定和制度。

总结与建议：消控室值班人员两人值班时一人擅自不上班是违法的，并可能面临行政处罚。单位应立即纠正此类行为，加强内部调查与处理，完善制度与监督，并加强对值班人员的培训与教育。如果遇到具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律解答。