违约金的计算需根据合同具体约定及法律规定综合判断，核心结论如下：

1. 合同有明确约定时
   若合同中已明确约定“未按时发放保底”的违约金计算方式（如按日计算固定金额、按未发放金额的百分比计算等），则原则上应按合同约定执行。但需注意：

   • 违约金过高调整：根据《民法典》第585条，若违约金过分高于实际损失（通常超过损失的30%），违约方可请求法院或仲裁机构予以调减。例如，合同约定违约金为未发放金额的50%，但实际损失仅为未发放金额的10%，则可能被调减。
     
   • 违约金过低补充：若违约金低于实际损失，守约方可请求法院或仲裁机构增加至实际损失范围（需举证损失金额）。
     

2. 合同未约定或约定不明时
   若合同未约定违约金或约定不明确，则守约方可主张实际损失赔偿，包括：

   • 直接损失：如因未发放保底导致的直接经济损失（如已支出的成本、预期收益减少等），需提供证据证明损失与违约行为的因果关系。
     
   • 间接损失：如因违约导致的额外费用（如诉讼费、律师费等），需在合同中明确约定或符合法律规定（如《民法典》第584条规定的“可预见性规则”）。
     

3. 特殊情形：保底条款的合法性
   若保底条款本身因违反法律强制性规定（如违反金融监管规定、涉嫌非法经营等）而被认定无效，则违约金条款可能随之无效，此时需按法定赔偿规则处理（如返还财产、折价补偿等）。

建议行动：

• 立即核查合同中关于保底发放及违约金的条款；
  
• 收集未按时发放保底的相关证据（如转账记录、沟通记录等）；
  
• 评估实际损失金额，并准备损失证明材料；
  
• 若协商无果，可依法向法院或仲裁机构主张权利。
  

如有进一步疑问或需具体案例分析，可直接向我咨询。