针对实习生在实习期未结束且已盖章的情况下擅自离职的问题，企业可采取以下措施进行处理：

1. 核查实习协议条款
   首先需审查与实习生签订的实习协议或相关文件，确认其中是否明确约定了实习期限、离职条件、违约责任等条款。若协议中明确规定了实习期未满擅自离职的违约责任（如违约金、赔偿损失等），企业可依据协议要求实习生承担相应责任。
   法律依据：根据《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同受法律保护，对当事人具有法律约束力。若协议条款合法有效，企业可主张权利。

2. 与实习生协商解决
   若协议未明确约定违约责任，或企业希望以更灵活的方式处理，可尝试与实习生沟通，了解其离职原因，并协商解决方案。例如：

• 要求实习生完成工作交接，避免因突然离职导致企业损失；
  
• 协商部分赔偿（如因离职造成的直接经济损失）；
  
• 若实习生愿意返回继续完成实习，可调整实习安排。
  建议：协商过程中保留书面沟通记录（如邮件、微信聊天记录），以备后续需要。

1. 追究法律责任（如必要）
   若实习生拒绝协商或协商无果，且其行为给企业造成实际损失（如项目延误、客户流失等），企业可收集证据（如损失证明、实习生擅自离职的证据等），通过法律途径主张赔偿。
   注意：企业需证明损失与实习生擅自离职之间存在直接因果关系，且损失金额需合理。

2. 完善企业管理制度
   为避免类似情况再次发生，企业可：

• 在实习协议中明确离职条件及违约责任；
  
• 加强实习期间的管理，定期与实习生沟通工作情况；
  
• 建立离职流程，要求实习生提前提交书面离职申请并完成交接。
  

总结：企业应优先依据实习协议处理，若无协议或协议未约定，可通过协商或法律途径解决。同时，建议企业完善内部管理，降低类似风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。