结论前置：助理医师单独执业是否算非法行医，需根据具体情况判断。在一般情况下，未经执业医师指导的单独执业行为是违法的；但在特定地区和机构中，根据相关法律法规的规定，助理医师可以在一定范围内独立从事医疗活动。
详细分析：
一般情况下的规定：
- 法律依据：根据《中华人民共和国医师法》（2021年修订）及《中华人民共和国执业医师法》的相关规定，助理医师并不具备独立的执业资格，他们必须在执业医师的指导下进行医疗活动。这是为了确保医疗质量和患者安全，因为助理医师的专业知识和技能相对有限，独立执业可能难以应对复杂的医疗情况。
- 非法行医的认定：若助理医师超出上述规定范围，在不具备相应条件的机构或者未经指导独立开展诊疗活动，这种行为将被视为违反执业规则，可能构成非法行医。非法行医不仅违反了医疗卫生管理法规，还可能对患者的生命健康带来潜在风险。
特殊情况下的规定：
- 适用范围：在乡、民族乡、镇和村医疗卫生机构以及艰苦边远地区县级医疗卫生机构中执业的助理医师，可以根据医疗卫生服务情况和本人实践经验，独立从事一般的执业活动。这是为了满足这些地区的基本医疗服务需求，因为这些地区的医疗资源相对匮乏。
- 合法性依据：这些特殊地区的医疗卫生机构由于资源有限，允许助理医师在一定条件下独立行医。这种情况下，助理医师的独立行医行为是合法的，不构成非法行医。但需要注意的是，这种独立行医的范围和权限是受到严格限制的，通常仅限于一般性的诊疗活动。
非法行医的法律后果：
- 对助理医师个人的处罚：若助理医师非法行医，一旦查实，将面临包括警告、罚款、暂停执业、吊销执业证书乃至刑事责任在内的严厉处罚。具体处罚措施将根据违规情节的严重程度和造成的后果来决定。
- 对医疗机构的处罚：同时，允许助理医师独立执业的医疗机构也将受到相应处罚，包括警告、罚款、吊销执业许可证等。这是为了促使医疗机构加强内部管理，确保医疗活动的合法性和安全性。
实际建议：
- 助理医师：应严格遵守相关法律法规，不得擅自独立执业。应在执业医师的指导下开展医疗活动，确保患者的安全和医疗质量。同时，也应不断提升自己的专业知识和技能水平，为将来的独立执业做好准备。
- 医疗机构：应加强内部管理，严禁助理医师独立执业。应建立健全的医疗质量管理制度和监督机制，确保医疗活动的合法性和安全性。同时，也应加强对助理医师的培训和指导，提高他们的专业素养和实践能力。
总结与提醒：
助理医师单独执业是否算非法行医，关键在于其是否在执业医师的指导下进行医疗活动以及是否在特定地区和机构中按照相关规定独立从事医疗活动。为了保障医疗质量和患者安全，助理医师和医疗机构都应严格遵守相关法律法规和规章制度。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。