在双方对土地使用权存在争议的情形下，排除妨害纠纷的处理需分情况讨论，具体如下：
争议解决前，妨害行为持续存在
- 法律背景：根据《民法典》第二百三十六条，妨害物权或者可能妨害物权的，权利人可以请求排除妨害或者消除危险。然而，在土地使用权存在争议时，权利人需先确认其权利归属，方能有效主张排除妨害。
- 处理建议：
- 协商解决：双方可尝试通过协商，就土地使用权的归属或使用方式达成一致，从而消除妨害行为。
- 行政处理：向当地土地管理部门或相关行政机关申请调解或裁决，以明确土地使用权的归属。行政处理具有高效、便捷的特点，且处理结果具有一定的权威性。
- 诉讼解决：若协商和行政处理均无法达成一致，双方可向人民法院提起诉讼，请求确认土地使用权归属，并据此主张排除妨害。在诉讼过程中，法院将依法审理，并作出具有法律效力的判决。
争议解决后，妨害行为仍存在
- 法律背景：一旦土地使用权归属明确，权利人即可依据《民法典》的相关规定，主张排除妨害。此时，妨害行为若持续存在，将构成对权利人合法权益的侵害。
- 处理建议：
- 直接主张排除妨害：权利人可直接向妨害行为人发出书面通知，要求其停止侵害、排除妨害，并恢复土地原状。若妨害行为人拒不履行，权利人可进一步采取法律措施。
- 提起诉讼：若妨害行为人拒不履行排除妨害的义务，权利人可向人民法院提起诉讼，请求法院判令妨害行为人停止侵害、排除妨害，并赔偿因此造成的损失。在诉讼过程中，权利人需提供充分的证据证明其土地使用权归属及妨害行为的存在。
特殊情形下的处理
- 紧急妨害：若妨害行为具有紧迫性，如正在进行的非法占用、破坏土地等行为，权利人可立即向当地公安机关报案，请求其采取紧急措施制止妨害行为。同时，权利人也可向人民法院申请诉前财产保全或行为保全，以防止妨害行为的进一步扩大。
- 历史遗留问题：对于因历史原因造成的土地使用权争议及妨害行为，双方可寻求政府部门的协助，通过政策调整、补偿安置等方式解决争议。在此过程中，权利人需积极配合政府部门的调查和处理工作，以维护自身合法权益。
在处理排除妨害纠纷时，还需注意以下法律要点：
- 证据收集：权利人需充分收集证据，证明其土地使用权归属及妨害行为的存在。证据可包括土地使用权证书、相关合同、协议、照片、视频等。
- 法律程序：在处理纠纷过程中，权利人需遵循法律程序，不得采取非法手段进行报复或维权。否则，将可能承担相应的法律责任。
- 专业咨询：由于土地使用权争议及排除妨害纠纷涉及复杂的法律问题，权利人在处理过程中可寻求专业律师的帮助，以确保其合法权益得到有效维护。
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