关于偿还款项是偿还本金还是利息发生争议的问题，首先明确结论：还款顺序首先依据借款合同中的明确约定；若无约定或约定不明，则一般按照先息后本的顺序进行清偿。以下是对此问题的详细分析：
一、合同约定优先原则
- 尊重意思自治：如果借款合同中明确约定了还款的顺序，比如先还利息后还本金，或者对每笔还款的性质进行了清晰界定，那么应严格按照合同约定执行。这体现了法律对当事人意思自治的尊重，只要约定不违反法律法规的强制性规定，法院通常会予以支持。
二、无约定或约定不明时的处理规则
- 法律依据：在借款合同未明确约定还款顺序的情况下，根据相关法律规定（如《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉时间效力的若干规定》及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释（二）》第二十一条，虽后者已废止，但相关原则在民法典中得以延续），以及司法实践，一般遵循先息后本的原则进行清偿。
- 抵充顺序：
- 实现债权的费用：优先支付追讨借款过程中产生的合理律师费、诉讼费等。
- 利息：包括正常利息、逾期利息、复利等，按约定或法定顺序清偿。
- 本金：在清偿了上述费用及利息后，剩余还款金额用于偿还借款本金。
三、特殊情形的判断标准
- 事后协商一致：即使借款合同最初未明确还款顺序，若当事人在还款过程中通过协商一致确定了还款性质，并有相关证据证明（如书面协议、聊天记录等），则该协商结果对双方具有约束力。
- 交易习惯或行业惯例：在特定行业或领域，若存在关于借款还款顺序的交易习惯或行业惯例，且双方当事人知晓并遵循，那么在无明确约定时，可参照这些习惯或惯例来确定还款性质。
四、实际案例与法律建议
- 实际案例：假设甲向乙借款10万元，约定年利率为10%，但未明确还款顺序。后甲还款5万元，双方对这5万元是偿还本金还是利息产生争议。在此情况下，若无法证明双方有特别约定，则应按照先息后本的顺序，先偿还利息（假设已产生利息1万元），剩余4万元偿还本金。
- 法律建议：
- 保留还款凭证：对于有息借款，还款时一定要保留好还款凭证，明确记录还款的金额、日期等信息，以防日后产生纠纷。
- 明确合同条款：在签订借款合同时，应尽可能明确还款顺序、利息计算方式等关键条款，以减少后续争议。
- 协商解决争议：若对还款性质存在争议，首先应尝试与对方协商解决。协商不成时，可依据借款合同、还款凭证等证据，向有管辖权的人民法院提起诉讼，由法院根据具体情况判定还款性质。
综上所述，借款合同中的还款顺序问题，应首先依据合同中的明确约定；在无约定或约定不明的情况下，则遵循先息后本的原则进行清偿。若您在此方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。