政府与企业双方合作进行特殊经营的合法性，需视具体情况及是否符合相关法律法规而定。以下从多个角度进行分析：

一、合法性基础

1. 法律法规框架：政府与企业合作进行特殊经营，首先需确保该合作模式符合国家法律法规的规定。例如，若涉及土地使用、资源开发等特殊经营领域，需严格遵守《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国矿产资源法》等相关法律法规。

2. 政策支持：政府与企业合作进行特殊经营，若符合国家产业政策、区域发展规划等，通常能获得政策上的支持。这种支持不仅体现在税收优惠、资金扶持等方面，还体现在行政审批、市场准入等方面的便利。

二、合法性判断要点

1. 合作协议：政府与企业之间的合作协议是判断合作合法性的重要依据。合作协议应明确双方的权利义务、合作方式、合作期限、收益分配等关键条款，并确保这些条款不违反法律法规的强制性规定。

2. 审批程序：对于涉及特殊经营领域的合作，通常需要经过相关政府部门的审批或备案。未经审批或备案的合作项目，可能因违反法定程序而被认定为非法。

3. 经营行为：在合作过程中，政府与企业应严格遵守法律法规，不得从事违法违规的经营行为。例如，不得利用合作项目进行非法集资、传销等违法活动。

三、可能存在的法律风险及后果

1. 合同无效风险：若合作协议违反法律法规的强制性规定，可能导致合同无效。合同无效后，双方需根据过错程度承担相应的法律责任，如返还财产、赔偿损失等。

2. 行政处罚风险：若合作项目未经审批或备案，或存在其他违法违规行为，可能面临相关政府部门的行政处罚，如罚款、没收违法所得、责令停产停业等。

3. 刑事责任风险：在极端情况下，若合作项目涉及严重违法犯罪行为，如贪污受贿、挪用公款等，相关责任人员可能面临刑事责任的追究。

四、建议与措施

1. 完善合作协议：在合作前，政府与企业应充分协商，制定完善的合作协议，明确双方的权利义务和合作细节，确保合作协议的合法性和有效性。

2. 遵守审批程序：对于涉及特殊经营领域的合作项目，应严格按照相关法律法规的规定，履行审批或备案程序，确保合作项目的合法性和合规性。

3. 加强合规管理：在合作过程中，政府与企业应加强合规管理，建立健全的合规制度，确保经营行为的合法性和合规性。同时，应定期对合作项目进行合规审查，及时发现并纠正存在的问题。

若您对政府与企业合作进行特殊经营的合法性有进一步疑问，或需要针对具体合作项目进行法律风险评估和合规建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律服务。