核心结论：施工方要求按合同结算，甲方要求按工程鉴定结算，双方应优先通过协商解决争议；若协商不成，可根据合同约定选择仲裁或诉讼，由法院或仲裁机构根据合同条款、实际履行情况及鉴定结果综合判定结算方式。以下是具体分析：

1. 合同优先原则与争议解决条款
   根据《民法典》第510条，合同生效后，当事人应按约定履行义务。若合同中明确约定了结算方式（如固定总价、按工程量清单计价等），且未约定“以鉴定结果为准”的例外条款，则施工方要求按合同结算具有合法性。此时需重点审查合同条款：

   • 若合同约定“最终结算以第三方鉴定为准”，则甲方主张具有合同依据；
     
   • 若合同未约定鉴定条款，甲方单方要求鉴定可能构成违约，施工方可拒绝并主张按合同结算。
     建议：双方应首先核对合同文本，明确结算条款的具体约定。

2. 工程鉴定的适用条件与程序合法性
   工程鉴定通常适用于以下情形：

   • 合同对结算方式约定不明或存在歧义；
     
   • 施工过程中发生设计变更、工程量增减等导致合同价款调整；
     
   • 双方对工程质量、工程量存在争议且无法协商一致。
     若甲方申请鉴定，需满足以下程序要求：
     
   • 鉴定机构需具备相应资质（如工程造价咨询企业资质）；
     
   • 鉴定程序需符合《司法鉴定程序通则》或行业规范；
     
   • 鉴定范围应限于争议事项（如仅对增量部分鉴定，而非全盘推翻合同价款）。
     风险提示：若鉴定程序违法或鉴定结论依据不足，法院可能不予采信。

3. 实际履行情况与公平原则的考量
   即使合同有明确约定，法院或仲裁机构也可能根据《民法典》第6条（公平原则）调整结算方式。例如：

   • 若合同价款显著低于实际成本，显失公平；
     
   • 施工方未按合同约定施工（如偷工减料），导致工程质量不达标；
     
   • 甲方已支付部分款项，但施工方未完成全部工程。
     建议：双方应整理施工过程中的签证单、变更单、付款记录等证据，以证明实际履行情况与合同约定的偏差。

4. 协商与诉讼/仲裁的路径选择

   • 协商：双方可委托第三方机构（如造价咨询公司）出具参考意见，或邀请行业协会介入调解，以降低维权成本。
     
   • 诉讼/仲裁：若协商无果，需根据合同争议解决条款选择管辖机构。诉讼中，法院可能委托鉴定机构对争议部分进行造价鉴定；仲裁中，仲裁庭有权决定是否采纳鉴定结论。
     时间成本提示：诉讼程序平均耗时6-12个月，仲裁略快但费用较高，需根据争议金额和紧急程度选择。

行动建议：

1. 立即核对合同文本，明确结算条款及争议解决方式；
   
2. 整理施工过程中的全部书面证据（如签证单、变更单、付款记录等）；
   
3. 尝试与甲方协商，或委托第三方机构出具参考意见；
   
4. 若协商不成，根据合同约定启动诉讼或仲裁程序，并做好证据保全。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供详细方案。