将雇佣关系改为合作关系是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：
一、合法的情况
如果双方确实基于平等、自愿的原则，重新协商并达成一致，将原本的雇佣关系转变为合作关系，且这种转变不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，那么这种转变是合法的。例如，原本的雇佣关系中，雇主与雇员约定了固定的工作时间、工作地点和工作内容，并支付固定的工资。后来，双方协商一致，改为按照项目合作的方式，雇员根据项目的完成情况获得报酬，工作时间和地点也更加灵活。这种情况下，只要双方的意思表示真实，且不违反相关法律法规，这种转变就是合法的。
二、不合法的情况
以合作关系之名，行雇佣关系之实：
- 如果双方虽然名义上签订了合作协议，但实际上仍然按照雇佣关系的模式运作，比如雇主仍然对雇员进行严格的考勤管理、工作安排和指挥，雇员也主要依赖雇主提供的工作条件和资源来完成工作，并获取固定的报酬，那么这种所谓的“合作关系”可能只是雇佣关系的变种，仍然可能被认定为雇佣关系。在这种情况下，如果雇主试图通过改变关系性质来规避法律责任，比如逃避支付加班费、社会保险等义务，那么这种行为是不合法的。
违反法律法规的强制性规定：
- 如果双方将雇佣关系改为合作关系的过程中，违反了法律法规的强制性规定，比如未按照法律规定签订书面合同、未依法缴纳社会保险、未保障劳动者的合法权益等，那么这种转变也是不合法的。例如，根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。如果双方将雇佣关系改为合作关系后，未签订书面合同，且存在事实上的劳动关系，那么用人单位可能面临支付双倍工资等法律责任。
三、法律建议
明确关系性质：
- 在将雇佣关系改为合作关系之前，双方应当明确关系的性质，并签订书面协议，明确双方的权利和义务。协议中应当详细约定合作的内容、方式、期限、报酬支付方式等关键条款，以避免后续产生纠纷。
遵守法律法规：
- 无论关系如何转变，双方都应当遵守法律法规的强制性规定，保障劳动者的合法权益。比如，依法签订书面合同、缴纳社会保险、支付加班费等。
寻求专业法律意见：
- 如果双方对关系性质的转变存在疑问或争议，建议寻求专业律师的法律意见。律师可以根据具体情况，为双方提供合法、合理的建议，帮助双方避免法律风险。
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