结论：三方协议中学院只盖公章没签字，其法律效力需根据具体情况判断，通常可能有效，但也存在特殊情况可能无效。
分析说明：
通常情况有效：
- 在三方协议中，盖章和签字一般都具有证明协议主体同意协议内容并受其约束的法律效力。如果协议明确约定盖章即可生效，或者在实际履行过程中各方均认可仅盖章的方式，那么只盖章不签字的三方协议通常是有效的。例如，学院作为协议的一方，其公章代表了学院的正式认可和承诺，只要盖章符合学院内部规定和流程，且没有违反法律法规的强制性规定，那么该协议即成立并生效。
特殊情况可能无效：
- 若协议明确要求必须同时具备签字和盖章才生效，或者法律、法规对特定类型的三方协议有特殊的签署形式要求（如某些涉及教育管理、国有资产转让等特殊领域的协议可能需要法定代表人签字并加盖公章等），那么仅盖章不签字可能不满足生效条件，协议可能被视为未生效或无效。在这种情况下，学院只盖公章没签字的行为可能无法产生预期的法律效果。
可能存在的风险和问题：
- 法律效力争议风险：当协议对于生效条件约定不明确时，一旦出现纠纷，仅盖章不签字的情况可能会引发关于协议是否已经生效的法律争议。例如，一方主张协议因缺少签字而未生效，而另一方则认为盖章已经足以表明其意愿，这种争议可能导致诉讼成本的增加和法律关系的长期不确定。
- 责任认定困难问题：在某些情况下，签字可以更直观地体现具体签约人的身份和责任。如果只盖章不签字，当出现需要追究个人责任的情况时，可能难以准确确定具体的责任人。比如，如果协议内容涉及学院内部多个部门或人员的职责划分，没有相关人员的签字，就很难判断是哪个部门或人员对协议内容负责。
建议措施：
- 明确协议生效条款：在签订三方协议前，应仔细审查协议中关于生效条件的条款，确保明确规定盖章、签字或其他特定的生效方式。如果对协议条款存在疑问，应及时咨询专业律师，以避免后续可能出现的法律风险。
- 完善签署流程：为了保障协议的顺利履行和责任的清晰界定，建议尽量同时采用盖章和签字的方式签署三方协议。这样既可以满足法律上对协议形式的要求，又可以在出现纠纷时提供更明确的证据。
- 保留相关证据材料：无论采用何种签署方式，都应妥善保存与协议签署相关的所有文件和资料，包括协议原件、往来邮件、沟通记录等。这些证据在解决可能的纠纷时将起到至关重要的作用。
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