结论前置：保洁员作业时公用三轮车肇事，超过保险赔偿部分的责任承担主体需分情况讨论，具体如下：

1. 若保洁员属于职务行为，且用人单位无过错
   根据《民法典》第1191条，用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。若保洁员在作业过程中驾驶公用三轮车肇事，且用人单位对事故发生无过错（如车辆符合安全标准、保洁员具备合法驾驶资质等），则超出保险赔偿的部分应由用人单位（如物业公司、保洁公司等）承担。

2. 若保洁员存在故意或重大过失
   若保洁员在驾驶过程中存在故意违章（如酒驾、无证驾驶）或重大过失（如严重违反操作规程），根据《民法典》第1191条，用人单位在承担赔偿责任后，可向保洁员追偿超出保险赔偿的部分。此时责任主体实际为保洁员个人，但需以用人单位先行赔付为前提。

3. 若用人单位存在过错
   若用人单位对事故发生存在过错（如未定期检修车辆、未提供安全培训等），根据《民法典》第1165条，用人单位需根据过错程度承担相应赔偿责任。此时超出保险赔偿的部分可能由用人单位与保洁员按过错比例分担（如用人单位承担70%、保洁员承担30%）。

4. 若车辆未投保或保险不足
   若公用三轮车未投保交强险或商业险，或保险额度不足以覆盖损失，根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第16条，未依法投保的义务人（通常为车辆所有人或管理人）需在交强险责任限额范围内先行赔偿，不足部分按上述规则处理。

补充说明：

• 实务中需结合保洁员与用人单位的劳动关系（如劳动合同、劳务合同）及事故具体情节（如是否在工作时间、工作地点）综合判断责任主体。
  
• 建议用人单位定期为作业车辆投保足额保险，并加强员工安全培训，以降低法律风险。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的责任划分。