在交通事故中，关于保险公司垫付医药费以及司机垫付费用是否从赔付总金额中扣除的问题，这确实是一个涉及多方面因素的复杂情况。以下是对这一问题的详细解答：
一、保险公司垫付医药费的情况
交强险垫付：
- 根据相关法律法规，保险公司在特定情况下有垫付医疗费的义务。这主要发生在因抢救受伤人员需要，且符合交强险垫付情形时，如驾驶人未取得驾驶资格、醉酒驾驶等。
- 交强险的医疗费用赔偿限额是固定的（有责情况下为18,000元，无责情况下为1,800元）。在此限额内，保险公司会对符合规定的医药费进行垫付。
- 垫付后，保险公司有权向致害人追偿。若抢救费用超过交强险责任限额，医疗机构可向救助基金管理机构申请垫付。
商业险垫付：
- 商业险是否垫付医疗费则取决于保险合同的具体约定。部分高端商业车险可能包含垫付医疗费的服务条款，但并非所有商业险都提供此服务。
- 在无特别约定的情况下，商业险保险公司通常不会主动垫付医疗费。
二、司机垫付费用与赔付总金额的关系
司机垫付费用：
- 在交通事故中，如果司机或受害者先行垫付了医疗费用，这些费用在后续的保险赔付中通常会被考虑进去。
- 司机垫付的费用，如果属于保险赔偿范围内且合理必要，那么在保险公司进行赔付时，这些费用会从赔付总金额中相应扣除（但实际上是作为已支付部分进行核算，而非直接“扣除”赔付总额，因为赔付总额是基于实际损失和保险条款来确定的）。不过，更准确的理解是，司机垫付的费用会作为受害者已获得的赔偿，在保险公司最终赔付时进行相应调整，确保受害者不会因同一损失获得双重赔偿。
赔付总金额的确定：
- 赔付总金额是根据受害者的实际损失、保险条款以及事故责任划分来确定的。
- 交强险会在其赔偿限额内对医药费等费用进行赔偿，超出部分则可能由商业险（如果投保了相关险种）在合同约定的责任范围内进行赔偿。
- 商业险的赔偿会受到免赔额、免赔率以及医药费合理性和必要性的限制。
三、综合建议
- 及时沟通：在处理交通事故时，建议及时与保险公司沟通，明确事故责任、赔偿范围以及垫付流程。
- 保留证据：保留所有相关证据，包括医疗费用清单、诊断证明、事故认定书等，以便在需要时提供有力支持。
- 咨询专业：如果情况复杂或存在争议，建议咨询专业律师或保险顾问，以了解自身权益和责任，确保在协商或诉讼过程中处于有利地位。
综上所述，交通事故中保险公司的垫付行为以及司机垫付费用与赔付总金额的关系，都是依据具体情况、保险条款以及事故责任划分等多种因素来确定的。因此，在处理此类问题时，建议保持谨慎并寻求专业帮助。