在交通事故中，关于保险公司住院垫付的医药费是否在理赔里面减去的问题，这确实是一个涉及保险理赔流程和规定的重要问题。以下是对此问题的详细解答：

首先，我们需要明确的是，保险公司在交通事故中垫付医疗费的情况是有特定条件的，这通常与交强险的垫付义务相关。根据《机动车交通事故责任强制保险条例》的相关规定，在因抢救受伤人员需要的情况下，保险公司接到公安机关交通管理部门的通知后，有义务及时支付或垫付抢救费用。这种垫付行为通常发生在事故初期，为了保障受伤人员的及时救治。

接下来，我们探讨垫付的医药费在理赔中的处理方式。在保险理赔过程中，保险公司会根据事故责任划分、保险条款以及医疗费用的合理性等因素来确定赔偿金额。对于之前已经垫付的医药费，保险公司通常会在最终的理赔金额中进行相应的扣除。这是因为垫付行为本身就是为了先行解决医疗费用问题，而理赔则是根据事故整体情况和保险条款来确定的最终赔偿。

具体来说，如果事故责任在投保人一方，且投保人购买了交强险和商业第三者责任险等相关险种，那么保险公司会在交强险的医疗费用赔偿限额内先行垫付医药费。在后续理赔过程中，保险公司会根据事故责任比例、商业险的赔偿范围以及医疗费用的合理性等因素，计算出最终的赔偿金额，并从中扣除之前已经垫付的医药费。

此外，还需要注意的是，商业险的赔偿情况可能因保险合同的具体约定而有所不同。部分商业险可能包含垫付医疗费的服务条款，但并非所有商业险都提供此服务。因此，在处理交通事故时，建议及时联系保险公司并详细了解保险条款和理赔流程。

最后，为了确保在处理交通事故和保险理赔过程中处于有利地位，建议您保留所有相关证据，包括医疗费用清单、诊断证明、事故认定书等。这些证据将有助于您在需要时提供有力支持，并确保您的权益得到充分保障。

综上所述，交通事故中保险公司住院垫付的医药费通常会在最终的理赔金额中进行扣除。在处理此类问题时，请务必及时联系保险公司并了解相关条款和流程，以确保您的权益得到妥善处理。