针对您提出的“交通事故保险公司垫付的医药费在理赔的时候是否可以作为住院医疗费报销”这一问题，我将结合相关法律法规和保险实践，为您进行详细解答。

首先，我们需要明确的是，在交通事故中，保险公司垫付的医药费，在符合一定条件下，是可以在理赔时作为住院医疗费进行报销的。这主要取决于以下几个关键因素：

一、保险责任范围

保险公司是否承担赔偿责任，首先取决于事故是否属于保险合同所约定的赔偿范畴。如果事故在保险责任范围内，那么保险公司就有责任对合理的医疗费用进行赔偿，这自然也包括预先垫付的住院费用。

二、理赔材料的提交

为了证明事故的真实性和费用的合理性，您需要按照保险公司的要求，及时提交相关的理赔材料。这些材料通常包括事故认定书、医疗费用清单、医院发票、缴费记录等。只有提供了完整、真实的理赔材料，保险公司才能对垫付的费用进行核定和赔偿。

三、垫付费用的合理性

保险公司只会对合理且必要的垫付费用进行赔偿。这意味着，垫付的费用不能是过度医疗或者与事故毫无关联的费用。例如，如果伤者因为事故需要住院治疗，但医院却收取了与治疗无关的高额费用，那么这部分费用保险公司是不会赔偿的。

四、具体理赔流程

1. 留存凭证：在垫付费用后，您需要留存好所有相关的凭证，如医院发票、缴费记录等。
2. 及时通知：您需要及时通知保险公司事故情况及垫付事宜，以便保险公司能够及时了解情况并启动理赔程序。
3. 审核材料：保险公司会审核您提交的相关材料，如事故责任认定书、伤者诊断证明等。
4. 核定赔偿：如果材料齐全且符合保险责任范围，保险公司会在核定完毕后进行赔偿。

五、特殊情况说明

• 交强险垫付：在特定情形下（如驾驶人未取得驾驶资格、醉酒驾驶等），交强险保险公司有垫付抢救费用的责任。但垫付后，保险公司有权向致害人追偿。
• 商业险预赔：商业第三者责任险等商业保险通常不主动垫付住院费，但若符合保险合同约定的预赔条件，经过保险公司审核同意后，也可能进行一定金额的预赔。

六、注意事项

• 不同保险公司的具体理赔流程和要求可能存在差异，因此您需要仔细研读保险合同条款，并按其指引操作。
• 在处理事故保险赔偿时，除了了解基本赔偿条件外，还需要关注理赔时效、赔偿金额的具体计算等问题。

综上所述，交通事故保险公司垫付的医药费在理赔时是可以作为住院医疗费进行报销的，但前提是事故属于保险责任范围、您及时提交了理赔材料、垫付的费用合理且必要。希望这些解答能够帮助您更好地理解交通事故保险赔偿的相关流程和要求。