向公司提交书面异议时，可通过以下方式留存证据，确保自身权益不受侵害：

1. 书面文件留存：

   • 原件保存：务必保留好自己手中的书面异议原件，这是最直接、最有力的证据。原件应清晰、完整，无涂改痕迹。
   • 复印件制作：在提交书面异议前，制作多份复印件，并确保复印件与原件内容一致。复印件可用于日常参考或作为备份，以防原件丢失或损坏。

2. 提交过程记录：

   • 提交方式选择：根据公司的规定或惯例，选择合适的提交方式，如直接递交、邮寄、电子邮件等。无论选择哪种方式，都应确保提交过程有迹可循。
   • 提交凭证获取：
     • 直接递交：若选择直接递交，可要求接收人在异议文件上签字确认，或要求公司出具接收回执。
     • 邮寄：若选择邮寄，应使用挂号信或快递服务，并保留好邮寄凭证，如邮寄单号、寄出和签收记录等。
     • 电子邮件：若选择电子邮件提交，应确保邮件内容清晰、完整，并保留好邮件发送和接收的记录，包括邮件正文、附件、发送时间、接收时间等。

3. 沟通记录留存：

   • 口头沟通记录：若在提交书面异议前后与公司进行了口头沟通，应尽量记录下沟通的时间、地点、参与人员、沟通内容等关键信息。如有必要，可要求公司出具书面确认或回复。
   • 书面沟通记录：若与公司进行了书面沟通，如通过邮件、信函等方式，应保留好这些书面记录，作为证据的一部分。

4. 证人证言收集：

   • 在场人员证言：若在提交书面异议时有其他人员在场，可请他们作为证人，并记录下他们的证言。证人证言应包括他们所看到、听到的事实，以及他们对事件的看法和判断。
   • 第三方机构证言：若涉及专业问题或需要第三方机构进行鉴定、评估等，可请相关机构出具书面报告或证言，作为证据的一部分。

5. 其他辅助证据：

   • 相关文件资料：收集与书面异议相关的其他文件资料，如公司规章制度、劳动合同、工资单、考勤记录等，以证明自己的主张和诉求的合理性。
   • 视听资料：如有必要，可收集与书面异议相关的视听资料，如录音、录像等，以更直观地展示事件的真实情况。