违规在洞穴内建设，其管理责任主要归属于城乡规划部门、乡镇人民政府、城市管理综合行政执法部门或土地管理部门，具体取决于违法建筑的具体情况和所在区域。以下是对这一问题的详细分析：

1. 城乡规划部门的管理职责：

   • 适用情形：若洞穴位于城市、镇规划区内，且建设行为未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定进行，则由城乡规划部门负责管理。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，此类违法行为由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设，并根据情况采取限期改正、罚款、限期拆除或没收实物及违法收入等措施。
   • 实例说明：例如，在城市市区内的洞穴中，未经许可擅自进行建设活动，即由城乡规划部门进行监管和查处。

2. 乡镇人民政府的管理职责：

   • 适用情形：若洞穴位于乡、村庄规划区内，且建设行为未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证规定进行，则由乡镇人民政府负责管理。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条，此类违法行为由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正，逾期不改正的可拆除。
   • 实例说明：例如，村民在村庄规划区内的洞穴中未取得乡村建设规划许可证就自行建设住宅，乡镇人民政府有权进行管理和处理。

3. 城市管理综合行政执法部门的管理职责：

   • 适用情形：在部分城市，原本由规划部门行使的对违法建筑的行政处罚权等职能可能集中交由城市管理综合行政执法部门行使。若洞穴位于此类城市区域内，且建设行为违法，则可能由该部门负责管理。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国行政处罚法》，国务院或经其授权的省、自治区、直辖市人民政府可以决定一个行政机关行使有关行政机关的行政处罚权。
   • 实例说明：例如，在大城市中，城管部门可能会对城市街道两侧或特定区域内的洞穴中未取得许可搭建的违法建筑进行查处和拆除。

4. 土地管理部门的管理职责：

   • 适用情形：若违法建筑涉及非法占用土地，如未经批准或骗取批准非法占用土地进行建设，则由土地管理部门负责管理。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，此类违法行为由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，并视情况采取限期拆除、没收建筑物、罚款等措施。
   • 实例说明：例如，企业未经土地管理部门批准擅自占用农用地在洞穴中进行建设活动，即属土地管理部门查处范围。

法律建议：

• 若您发现违规在洞穴内建设的情况，建议首先向当地城乡规划主管部门或城市管理部门咨询，以获取最准确、最权威的指导和帮助。
• 在进行任何建设活动前，务必确保已取得所有必要的许可和批准，以避免违法风险。
• 若您自身涉及此类违规建设问题，建议尽快咨询专业律师，了解可能的法律后果和应对策略。

如有任何进一步的问题或需要法律帮助，请直接向我咨询。